Lois era un home culto, afeccionado a escribir poesía. Con todo, non posuía capacidades políticas, xa que se viu coroado trala morte dos seus dous irmáns Pedro e Fernando en 1861 como consecuencia dunha epidemia de cólera. O reinado de Lois caracterizouse por unha serie de cambios de goberno, formados en diversas ocasións polos liberais e outras polos conservadores. Durante o seu goberno, Portugal devaluouse en relación con outros países europeos en termos de educación, política, estabilidade, progreso tecnolóxico e estabilidade económica. En temas coloniais, a baía de Delagoa confirmouse como posesión portuguesa en 1875 mentres que as actividades belgas no Congo negaban a Portugal un terreo entre Angola e Mozambique.
A pesar dunha filtración coa sucesión española antes da Guerra franco-prusiana de 1870-1871, Lois foi sobre todo un home de ciencia, cunha especial paixón pola oceanografía. Investiu gran parte da súa fortuna en financiar barcos de investigación dedicados a recoller espécimes nos océanos do mundo. Foi o responsable da creación dun dos primeiros acuario do mundo, o Vasco da Gama en Lisboa, que segue aínda aberto ao público, incluíndo unha lura de 10 metros de longo. O seu amor polas ciencias e cousas novas foi pasado aos seus dous fillos.
Durante toda a súa vida, Lois foi un mullereiro. Mentres era solteiro e oficial naval frecuentaba as prostitutas e, tras ascender ao trono, tivo varias relacións extramatrimoniais, a máis famosa delas coa actriz Rosa Damasceno.[2]
Nalgún momento da súa vida contraeu sífilis, que nese tempo era incurable e non tiña un tratamento eficaz. En 1887, a enfermidade manifestouse e finalmente evolucionou cara á neuro-sífilis, que o matou tras un prolongado e atroz sufrimento, o 19 de outubro de 1889, antes dos 51 anos, na cidadela de Cascais.[3]