Logo da súa ordenación continuou a súa formación en Humanidades e Filosofía e despois foi profesor nalgunhas escolas xesuítas, como as de Leoben e de Steyr, e no Colexio de Viena ensinou poesía e retórica, e tomou un amplo coñecemento do latín, ata que unha doenza o obrigou a abandonar a docencia.[6][7][8]
Desta etapa de xuventude, aos seus 21 anos, data a súa primeira publicación, Exercitium grammaticum in prophetiam Obadiæ, aparecida como apéndice de Institutiones linguæ sacræ, de P. J. Engstler.[6][7]
Eckhel numismático
Arredado, xa que logo, definitivamente da docencia, Eckhel comezou a interesarse pola actividade do Gabinete Numismático de Viena, que daquela estaba dirixido por outro xesuíta coñecido del, Joseph Khell (1714-1772). Inicialmente comezou a clasificar moedas gregas da colección do gabinete non catalogadas ata entón, e a documentarse sobre a numismática e a arqueoloxía. En concreto, dedicouse ás moedas das coleccións do Conde Michael Viczay (1756-1831) e de Pal Festetics (1725-1782).[6][8][9]
No gabinete comezou impartindo conferencias periódicas sobre numismática e no propio 1775 ofrecéuselle na Universidade de Viena a cátedra de Arqueoloxía e Ciencias Históricas Auxiliares, posto que ocupou ata a súa morte.[2][8] Ese mesmo ano saíu á luz a súa primeira publicación sobre numismática, titulada Numi veteres anecdoti.[2][6][9]
O "método Eckhel" e a numismática científica
No gabinete vienés, Eckhel estableceu un sistema de ordenación propio que superaba o tradicional da ordenación alfabética. Deste xeito, dividiu a numismática antiga en dous departamentos: nun deles agrupou as moedas correspondentes a emisións non romanas, ordenadas consonte a súa situación xeográfica, e o outro dedicouno ás cuñaxes imperiais romanas, en orde cronolóxica.[2][6][10]
Aplicando este anovador sistema para a época, Eckhel preparou e publicou en dous grandes volumes un novo catálogo xeral da moeda imperial romana, titulado Catalogus Musei Cæsariensis (Viena, 1779), co que logrou arranxar os numerosos erros cometidos por Francesco Mezzabarba na que ata a data era obra de referencia nese ámbito, Imperatorum Romanorum numismata (Milán, 1683).[11] En 1786 publicou dúas novas catalogacións seguindo este método: Sylloge II, numorum veterum anecdotorum Thesauri Cæsarei e Descriptio numorum Antiochiæ.[6][10]
Finalmente, o compendio da súa concepción da clasificación da moeda antiga foi publicado entre 1792 e 1798 nunha obra de oito volumes titulada Doctrina numorum veterum.[2] Con esta nova metodoloxía, Eckhel converteuse no fundador da numismática clásica con perspectiva científica.[6][8]
Friedrich von Kenner resúmeo así no seu opúsculo de 1871 sobre a figura de Joseph Hilarius Eckhel:[12]
“
(...) O seu sistema baséase nun motivo tomado da esencia máis íntima da moeda. Dese xeito gaña apoio interior. Con isto, o fundador independizou a nosa ciencia, liberouna da subordinación doutras materias afíns e das mans do diletantismo. (...)
”
Eckhel finou en Viena o 16 de maio de 1798,[2] pouco despois da finalización da súa Doctrina numorum veterum.[6][8]
Homenaxes póstumas
Entre as homenaxes realizadas á súa figura cabe salientar a medalla emitida co gallo do primeiro centenario do seu nacemento, en 1837, deseñada por Luigi Manfredini (1771-1840), que amosa a lenda SYSTEMATIS. REI. NVMARIÆ. ANTIQVÆ. CONDITORI.[13][14]
Ese mesmo ano saíu á luz o primeiro número da publicación periódica The Numismatic Journal, publicada pola Royal Numismatic Society, de Londres, que reservou a súa parte central para un gravado co busto de Eckhel.[15]