Dans la continuité des fouilles qu'il a menées à Bulla Regia, il a consacré une part importante de ses recherches à l'Afrique romaine et à l'architecture thermale, sujet de sa thèse d'état. Il a aussi consacré une importante partie de son travail à l'étude des mécanismes sociaux et culturels de l'Antiquité proposant une analyse critique sur les notions de romanisation ou de conquête, à partir de l'analyse des hiérarchies sociales plutôt que des césures culturelles.
Jean-Louis Biget, Jean-CIaude Hervé, Yvon Thébert (éd.), Les cadastres anciens des villes et leur traitement par l'informatique : actes de la table ronde, CEFR 120, Rome, 1989.
Henri Broise, Yvon Thébert (éd.), Recherches archéologiques franco-tunisiernnes à Bulla Régia. 2. 1, Les architectures. Les thermes memmiens : étude architecturale et histoire urbaine, CEFR 28/2, 1, Rome, 1993.
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Yvon Thébert, Thermes romains d'Afrique du Nord et leur contexte méditerranéen : études d'histoire et d'archéologie, École française de Rome, 2003, 733 p.Lire en ligne
Yvon Thébert, « Réflexions sur l'utilisation du concept d'étranger : évolution et fonction de l'image du Barbare à Athènes à l'époque classique », Diogène, 112, 1980, p. 96-115.
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Yvon Thébert, « Permanence et mutations des espaces urbains dans les villes d'Afrique du Nord orientale : de la cité antique à la cité médiévale », Actes du IVe congrès international d'histoire et de civilisation du Maghreb, Tunis, 11-, Cahiers de Tunisie, 34, 1986, p. 31-46.
Yvon Thébert, « L'esclave » dans Andrea Giardina dir., L'homme romain, Paris, Seuil, 2002, p. 179-225 (traduction de l'édition italienne, 1989).
Yvon Thébert, « Nature des frontières de l'empire romain : le cas germain », dans Aline Rousselle éd., Frontières terrestres, frontières célestes dans l'antiquité, Perpignan, 1995, p. 221-235.
Yvon Thébert, « Royaumes Numides et hellénisme », Afrique et histoire, 2005, 3, p. 29-37 (réédition complétée d'un article écrit pour le catalogue de l'exposition Carthage (Petit-Palais, 1995).
