L'abbaye de Munster continue d'exercer une influence sur la Communauté du Val Saint-Grégoire. Celle-ci est en effet administrée par des conseillers choisis par l'abbé ou élus par les représentants des habitants. Le monastère reste également le seul propriétaire foncier dans la ville et la vallée. Le traité de Marquard est signé en pour décrire et délimiter les droits et les devoirs de chaque partie[9]. À la suite de son élection au trône du Saint-Empire en , Charles IV accorde à Munster les mêmes privilèges qu'à Turckheim le [10]. Avec les autres villes impériales de la plaine d'Alsace, Munster forme en une alliance connue sous le nom de Décapole qui doit garantir une assistance réciproque entre ses dix membres face aux menaces extérieures. L'économie de la ville repose principalement sur le bûcheronnage[11], l'élevage de bovins dans le massif des Vosges[12] et la production de fromages comme le munster mentionné dès le XVe siècle[9]. La guerre des six Deniers éclate en entre la noblesse de Haute-Alsace et Mulhouse. Celle-ci reçoit l'aide de ses alliées Munster, Kayserberg et Turckheim dont les soldats incendient les châteaux d'Eguisheim la même année.
La Réforme protestante est introduite à Munster dès [13] et permet aux habitants de s'éloigner de l'autorité spirituelle de l'abbé. Le traité de Fleckenstein est signé en pour garantir les intérêts de l'abbaye catholique et de la Communauté du Val Saint-Grégoire qui a adopté la foi luthérienne. Pour apaiser les tensions religieuses, les relations entre les deux parties sont formalisées par le traité de Kientzheim signé en sous la supervision du bailli impérial Lazare de Schwendi[14]. Le texte garantit la liberté de confession dans la vallée et finit d'émanciper totalement la ville impériale de l'influence de l'abbaye[15]. Lors de la guerre de Trente Ans, la vallée est attaquée à plusieurs reprises par des bandes armées entre et , puis la ville et l'abbaye sont pillées en par les troupes du royaume de Suède[16]. Les villes occupées par les Suédois sont confiées aux armées françaises qui y établissent des garnisons[17]. Les ravages du conflit poussent Munster à se placer sous protectorat du royaume de France en . Les traités de Westphalie de accordent au Roi de France des droits sur la ville impériale et ses alliées. De nouvelles exactions sont commises en lorsque des régiments du duché de Lorraine, en guerre contre la France, occupent Munster. Lors de la guerre de Hollande, les Français s'emparent de la cité et l'occupent à partir de [18].
[Himly 1970] François-Jacques Himly, Atlas des villes médiévales d'Alsace, Strasbourg, Fédération des sociétés d'histoire et d'archéologie d'Alsace, , 133 p. (lire en ligne)
[Kintz 2017] Jean-Pierre Kintz, La conquête de l’Alsace : le triomphe de Louis XIV, diplomate et guerrier, Strasbourg, La Nuée Bleue, , 604 p. (ISBN978-2-8099-1509-9).
[Mengus et Rudrauf 2013] Nicolas Mengus et Jean-Michel Rudrauf (préf. Philippe Richert), Châteaux forts et fortifications médiévales d'Alsace : dictionnaire d'histoire et d'architecture, Strasbourg, La Nuée Bleue, , 375 p. (ISBN978-2-7165-0828-5).
[Nicollier 2012] Béatrice Nicollier, Le Saint-Empire romain germanique au temps des confessions : 1495-1648, Paris, Ellipses, , 256 p. (ISBN978-2-729-87577-0).
[Schmitt 1979] Robert Schmitt, « Munster au Val Saint-Grégoire : treize siècles d'histoire », Les Saisons d'Alsace, no 70, , p. 15-24 (ISSN0048-9018).
[Vogler 2009] Bernard Vogler (dir.), La Décapole : dix villes d'Alsace alliées pour leurs libertés 1354-1679, Strasbourg, La Nuée Bleue, , 397 p. (ISBN978-2-71650-728-8).
[Wunsch 1976] Robert Wunsch, « Le Grand-bailliage d'Empire en Alsace (1273-1648) », Les Saisons d'Alsace, no 58, , p. 64-78 (ISSN0048-9018)
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