Charles Tufts(en) est le donateur du terrain que l'université occupe sur la ligne de Medford-Somerville. La parcelle de terrain de vingt acres, donnée à l'Église universaliste à condition qu'elle soit employée pour une université, a été évaluée à 20 000 dollars. Elle est située sur une des plus hautes collines de la région de Boston, « Walnut Hill ». En 1852, le Commonwealth du Massachusetts a accordé une charte à l'université de Tufts. Après avoir été l'une des personnalités les plus influentes lors de la création de l'université, Hosea Ballou II est devenu son premier président en 1853.
Phineas Taylor Barnum, lui-même universaliste, est l'un des premiers bienfaiteurs de l'université Tufts. Le musée Barnum d'histoire naturelle a été construit en 1884 grâce à une donation de Barnum. Le , un incendie a frappé le Barnum Hall ; la collection logée dans le bâtiment a été entièrement détruite, y compris de nombreux spécimens d'animaux, le bureau, le buste de Barnum et l'éléphant empaillé « Jumbo ».
Le comité directeur admet les femmes au collège Tufts depuis 1892.
L'université change de taille sous la présidence de Jean Mayer (1976-1992). Mayer a fondé les spécialités médecine vétérinaire, nutrition et biomédical. Il a acquis les campus de Grafton (Massachusetts) et de Talloires (France), et en même temps rétabli la situation financière de l'université.
Depuis 1858[1], des personnalités sélectionnées reçoivent un titre de docteur honoris causa (en science, lettres, droit, théologie, lettres humaines, etc.) de cette université. Entre autres :
Dans l'épisode 2 de la saison 21 des Simpson, La Réponse de Bart, le jeune professeur qui remplace Edna Krapabelle est diplômé de l'université de Tufts.