En , l’URD est créé par des militants dissidents de l'Alliance pour la démocratie au Mali-Parti africain pour la solidarité et la justice (Adema-PASJ) réunis autour de Soumaïla Cissé, ancien candidat à l’élection présidentielle de 2002, qui considère avoir été lâché par une partie de l’Adema-PASJ.
Lors des élections communales de 2004, l’URD arrive en deuxième position, avec 1 636 conseillers communaux élus. Ali Farka Touré est élu maire de Niafunké à la tête d’une liste de l’URD.
Le , le Parti malien pour le progrès social (PMPS Ciwara Ton), réuni en congrès extraordinaire à la Maison des jeunes à Bamako, décide de se dissoudre dans l’URD. Le PMPS, créé en 1991, était présidé par Moriba Samaké[1].
Les 17 et , l'Union pour la république et la démocratie investit Soumaïla Cissé comme candidat à l'élection présidentielle[2].
L’URD, longtemps présidée par Younoussi Touré, est, du jusqu'à son décès le , menée par Soumaila Cissé.