La flotte d'Anubis ayant été vaincue, les Grands Maîtres Goa'uld, inquiets de voir le plus puissant d'entre eux et sa flotte détruits en une seule bataille, décident de traiter avec les Terriens. Parallèlement, étant donné qu'O'Neill est toujours maintenu en stase au pôle sud, Carter et Teal'c décident d'utiliser le vaisseau Goa'uld qu'a modifié O'Neill afin de mettre le cap vers Halla pour demander l'aide des Asgard, les seuls capables d'aider O'Neill.
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Cet épisode marque un changement physique chez Teal'c, qui apparaît désormais avec des cheveux.
O'Neill n'apparaît pas dans cet épisode.
Dans les épisodes 21 & 22 de la 7e saison ; la Cité perdue, c’est l’actrice Jessica Steen qui tient le rôle du Dr Elizabeth Weir. Elle est remplacée à partir de cet épisode par l’actrice Torri Higginson
La flotte d'Anubis ayant été vaincue, les Grands Maîtres Goa'uld, inquiets de voir le plus puissant d'entre eux et sa flotte détruits en une seule bataille, décident de traiter avec les Terriens. Parallèlement, étant donné qu'O'Neill est toujours maintenu en stase au pôle sud, Carter et Teal'c décident d'utiliser le vaisseau Goa'uld qu'a modifié O'Neill afin de mettre le cap vers Halla pour demander l'aide des Asgard, les seuls capables d'aider O'Neill.
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Après cet épisode l'histoire de Stargate Atlantis commence avec le départ de Weir pour l'Antarctique.
En orbite autour de la Terre, la station spatiale internationale, en liaison avec le SGC, repère des fragments du vaisseau mère d'Anubis détruit dans l'épisode 22 de la saison 7 : « La Cité perdue ». Une ombre noire pénètre alors dans la station et le contact avec le centre de contrôle au sol est rompu. Quelque temps plus tard, le Colonel Alexi Vaselov fait des pieds et des mains pour rejoindre SG-1 et franchir la Porte des Étoiles. Cependant, O'Neill, désormais Général et à la tête du SGC, s'y oppose. Vaselov s'effondre et la base est placée en quarantaine après que Daniel commence à développer les mêmes symptômes. Mais, est-ce véritablement une maladie puisque Vaselov, une fois conscient, déclare n'avoir été que spectateur dans son propre corps ?
SG-1 se rend sur une planète et se retrouve au cœur d'un conflit similaire à celui de la Guerre Froide. L'une des deux nations belligérantes possède la Porte des Étoiles et l'arrivée de SG-1 alimente les croyances d'un groupe de fanatiques qui profite de l'occasion pour prendre le pouvoir.
Une équipe de scientifiques du SGC est parvenue à réutiliser les machines utilisées auparavant par le Maître du Jeu (voir l'épisode 4 de la saison 2 : « Le Maître du Jeu ») et les a modifiées pour obtenir une simulation virtuelle d'entraînement pour les militaires du programme Porte des Étoiles. Cependant, les testeurs n'ont aucune habileté au combat et la simulation tourne court lorsque Teal'c essaye le jeu. La machine est alors modifiée pour s'adapter à l'expérience du combat de Teal'c mais cette fois, c'est l'égo de ce dernier qui l'empêche de terminer la partie en s'ingéniant à imaginer des pièges supplémentaires au fur et à mesure de sa progression.
Teal'c obtient l'autorisation pour vivre dans un appartement en dehors de la base. Cependant, il se retrouve inévitablement impliqué dans toutes sortes d'histoires à force de jouer les bons samaritains.
Un riche ingénieur en aéronautique, Alec Colson, annonce à la télévision qu'il a des preuves concernant l'existence des extra-terrestres ainsi que sur l'implication de divers gouvernements gardant jalousement le secret à ce sujet. Il lance un ultimatum en menaçant de dévoiler ses preuves dans 24 heures s'il n'y a pas de réaction officielle. Le SGC ne le prend pas au sérieux jusqu'à ce qu'il dévoile le clone d'un Asgard.
La Porte des Étoiles du SGC est happée par un rayon de téléportation Asgard. Pourtant, aucun d'entre eux ne se manifeste. Il semble évident que l'auteur du vol soit tout autre. Or, il ne fait presque aucun doute qu'il s'agit d'un coup de la Confrérie vu les pouvoirs dont elle dispose (voir l'épisode 7 de la saison 8 : « Monde cruel »). Parallèlement, Teal'c, en mission sur une autre planète, soupçonne quant à lui la Tok'ra d'être à l'origine du massacre de nombreux Jaffa grâce à leur poison anti-symbiote.
La RépliCarter créée par Numéro 5 (voir l'épisode 2 de la saison 8 : « Mésalliance ») contacte le SGC et demande de l'aide aux Terriens dans le but d'être détruite par leur disrupteur. Tandis que Daniel s'apprête à embarquer sur le Prométhée à destination d'Atlantis, Carter et Teal'c se rendent sur le site alpha, où ils ont donné rendez-vous avec le réplicateur humanoïde ressemblant comme deux gouttes d'eau à Carter.
Daniel, grâce au Général Hammond et malgré les réticences d'O'Neill, prend part au voyage pour Atlantis à bord du Prométhée. Cette expédition s'impose pour avoir des nouvelles de l'équipe partie par la Porte des Étoiles vers la Cité des Anciens et n'ayant plus donné signe de vie. Toutefois, Vala Mal Doran, une voleuse intergalactique, réussit à s'emparer du Prométhée en les leurrant avec un Al'kesh endommagé et en utilisant une combinaison de supersoldat d'Anubis pour neutraliser les troupes. Une fois maître du vaisseau, elle envoie l'équipage sur l'Al'kesh tout en gardant Daniel Jackson comme prisonnier. Alors que Daniel tente de reprendre le Prométhée, le Général Hammond et son équipage tentent de réparer l'Al'kesh.
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En parallèle a débuté la série Stargate Atlantis et les membres de l'expédition ne disposent pas encore d'E2PZ pour alimenter leur Porte des Étoiles.
Lorsque Daniel Jackson se rend à la rencontre des deux aliens, il se présente à eux comme étant Han Solo.
Cet épisode est le seul de toute la série où Christopher Judge (interprète de Teal'c) n'apparaît pas.
La Tok'ra informe le SGC que les Goa'uld comptent envahir la planète sur laquelle avait été laissé Maybourne (voir l'épisode 15 de la saison 6 : « Paradis Perdu »). SG-1 décide de le sauver avant l'invasion mais ils découvrent, à leur grand étonnement, qu'il est devenu roi à la tête du peuple local en déchiffrant des inscriptions des Anciens retraçant l'histoire de la planète en question. Évènements passés et futurs y sont mentionnés et tous se sont réalisés. Or, d'après la pierre, des explorateurs venus d'un autre monde étaient censés venir repousser l'envahisseur à ce moment précis. SG-1 découvre un Jumper doté d'une technologie permettant le voyage temporel et n'a d'autre choix que de livrer bataille, faute de temps pour ramener l'appareil avant le début de l'invasion.
O'Neill a la surprise de voir Kinsey se servir un verre dans son salon. L'ancien politicien l'informe que la Confrérie, qui l'avait abandonné après qu'il a été contraint à la démission, a repris contact avec lui afin qu'il les mène au Général Miroslav Kisselev, Ministre de la Défense de Russie, ce qui offre une occasion au SGC de mettre leur plan en échec. Malheureusement, au cours de la rencontre, la Confrérie et Kinsey disparaissent, et peu après, l'ex Vice-président est arrêté en Russie pour avoir tenté d'assassiner le Général Kisselev... alors qu'il était possédé par un Goa'uld. En résulte une montée de la tension entre la Russie et les États-Unis, qui s'enfoncent dans une crise dont la seule issue est d'arrêter la Confrérie avant que ne débute la troisième guerre mondiale...
Épisode 15 : Rien à perdre
Lieu de tournage de la boutique du barbier à Vancouver visible dans l'épisode
Joe Spencer, un coiffeur de l'Indiana, voit sa vie basculer lorsqu'il rentre en possession d'une pierre dans une brocante. Depuis, il a des flashs des missions de SG-1 qui le conduisent à raconter leurs histoires. Ses visions l'ont alors poussé à raconter les missions de SG-1, comme s'il s'agissait d'histoires inventées et il a même essayé (sans succès) de les publier. Toutefois, à force d'en parler, il finit par laisser son obsession prendre le dessus et néglige sa famille ainsi que son travail. Pour finir, il prend le Général O'Neill en otage.
RépliCarter rencontre les Grands Maîtres Goa'uld et les élimine, coup d'envoi de l'invasion galactique des Réplicateurs. Parallèlement, Daniel est téléporté dans son vaisseau où cette dernière décide de sonder son esprit à la recherche du savoir des Anciens qu'elle suppose toujours présent dans son subconscient.
RépliCarter a compris qu'une arme dissimulée sur Dakara pouvait être utilisée pour détruire les Réplicateurs et s'y dirige, en même temps qu'elle lance un assaut sur le SGC par la Porte. Ba'al rejoint également Dakara pour reprendre la planète à la Rébellion Jaffa, mais laisse délibérément le temps aux Jaffas de détruire l'arme pour empêcher Anubis de l'utiliser.
Sur Dakara, les Jaffa fêtent à la fois leur victoire sur les Réplicateurs ainsi que celle sur les Grands MaîtresGoa'uld. Toutefois, apprenant qu'Anubis rassemble ses forces sur Tartarus, ces derniers élaborent une attaque pour annihiler ce qu'il lui reste de son armée. Cependant, ceci n'est qu'une ruse d'Anubis qui attendait patiemment que les Jaffa laissent Dakara sans surveillance pour s'approprier l'arme des Anciens. La dernière chance de mettre un terme aux agissements d'Anubis réside en Daniel. Ironiquement, si ce dernier n'avait pas été tué par Réplicarter, il n'aurait pas une nouvelle fois pu s'élever et tenter de convaincre Oma Desala d'y mettre un terme avant d'être à nouveau renvoyé sur Terre comme simple mortel. En parallèle à cela, Sam hésite à épouser Pete car elle se rend compte que les sentiments qu'elle éprouve pour Jack dépassent la simple amitié...
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épisode en deux versions : une de 60 minutes et une autre de 45 minutes.
Après les funérailles de Catherine Langford, Daniel reçoit sa collection d'artefacts. Parmi ceux-ci, il découvre une fresque représentant Râ, tenant un E2PZ dans la main. Étant incapable de trouver à notre époque où se trouve cet objet, Daniel suggère d'utiliser le Jumper trouvé sur la planète de Maybourne afin de revenir en l'an -3 000 et s'en emparer. Toutefois, une patrouille Jaffa découvre le vaisseau et SG-1 est contraint de rester sur place en essayant de changer le moins possible le continuum espace-temps, mais le mal est fait car Râ emporte la Porte des Étoiles avec lui au lieu de la laisser sur Terre. Les membres de SG-1 voient ainsi leur destin brisé : Alors que Teal'c reste primat d'Apophis, O'Neill passe sa retraite à proposer des trajets touristiques dans son bateau, Daniel donne des cours de rattrapage de langue à des élèves qui s'en moquent et Carter est une petite assistante dans un magazine scientifique et se fait voler toutes ses idées par un patron sans scrupules. Pourtant, tous auront la surprise de voir une vidéo où des versions meilleures d'eux-mêmes leur donnent une chance de retrouver leur destin.
Carter et Daniel ont réussi à retrouver l'autre porte des étoiles, celle qui était ensevelie en Antarctique, seulement pour se faire virer immédiatement après. Heureusement, O'Neill a repris du service et les a intégré à son équipe d'exploration qui va sur Chulak en Jumper. Là, ils rencontrent Teal'c et le convainc de les aider, mais Daniel s'est fait infecter par un Goa'uld et doit être tué. Ils utilisent le Jumper pour retourner sur Terre en -3000 afin de corriger leur destin, avec l'aide du Daniel Jackson original.
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