La Saison 7 de Stargate SG-1 a été diffusée à partir du sur Sci Fi Channel. La septième saison se termine après 22 épisodes le sur Sky1, qui prend le relais de la chaîne Sci Fi en milieu de saison. La série est développée par Brad Wright et Jonathan Glassner. Les comédiens récurrents de la saison 7 sont Richard Dean Anderson, Amanda Tapping, Christopher Judge, Michael Shanks, et Don S. Davis. La saison est marquée par le retour de Michael Shanks dans le rôle de Daniel Jackson en tant que personnage régulier de la série[1], le départ de Corin Nemec, qui apparaît en guest star dans trois épisodes, et la mort de Janet Fraiser interprétée par Teryl Rothery.
Après avoir interféré dans les affaires humaines malgré les lois des Anciens, Daniel reprend forme humaine puis il est retrouvé par SG-1. Cependant, il demeure amnésique.
La super arme d'Anubis étant inutilisable, ce dernier se rend sur Kelowna, la patrie natale de Jonas. Son dessein est de s'emparer du Naquadria, seule source d'énergie restante pour alimenter à nouveau son arme et affirmer sa supériorité sur les autres Goa'uld.
Le général Hammond apprend qu'un jeune garçon de quinze ans est arrivé au SGC avec le badge du Colonel O’Neill pour entrer, et qu'il a par conséquent été arrêté pour avoir usurpé l'identité du Colonel O’Neill. Il demande à voir Hammond et SG-1 en prétendant être le Colonel O'Neill, mais personne ne le prend au sérieux... jusqu'à ce qu'il révèle des informations personnelles et confidentielle au sujet du programme Porte des Étoiles.
Bra'tac et Rya'c ont été faits prisonniers dans un camp de la mort sur Erebus. Lorsque ce souvenir revient dans la mémoire de Daniel, SG-1 décide de partir en mission de sauvetage afin de les délivrer... d'autant plus que Bra'tac sera très prochainement à court de trétonine.
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Durant la séance de réhabilitation de Teal'c le major Carter fait une référence au film Signes en parlant d'aliens ne supportant pas l'eau.
Sur P3X-289, SG-1 découvre une planète dont l'atmosphère est hautement corrosive. Toutefois, un immense dôme protège une portion de la planète en filtrant l'atmosphère par un champ de force. Les habitants y vivant sont sous le contrôle d'un ordinateur central.
SG-1 découvre un vaisseau, le Stromos, qui s'est écrasé et a été a priori abandonné... mais l'équipe se fait attaquer et tous tombent inconscients. À son réveil, Daniel développe un trouble dissociatif de l'identité, en possédant les esprits de plusieurs personnes mortes dans le vaisseau visité.
Quand les tentatives terriennes d'exploitation d'une nouvelle mine de Naqahdah sont contrecarrées par la tribu locale de Unas, SG-1 décide de faire appel à Chaka pour trouver une solution afin que chacun y trouve son compte.
Carter à la surprise de voir Warrick Finn, le Capitaine du Seberus (que SG-1 a sauvé lors de l'épisode 18 de la saison 6 : "Rescapés"), débarquer au SGC pour lui faire une proposition: les Hébridans organisent chaque année une course spatiale sponsorisée par la Tech Con Corporation, dont le premier prix est un contrat extrêmement lucratif qui permettrait à Warrick de résoudre les problèmes financiers qu'il traverse. Carter est invitée à participer à la course, qui est un prétexte de Warrick pour lui montrer sa gratitude et lui montrer certaines technologies de sa planète. Toutefois, Carter prend la course très au sérieux et compte bien tout faire pour gagner.
Un scientifique du SGC met au point un virus informatique rendant une Porte des Étoiles ennemie inopérante. Cependant, d'autres Portes tombent en panne dans la galaxie et le virus devient incontrôlable en se propageant à travers le réseau de Portes.
SG-1 découvre une tribu de femmes Jaffa vivant comme les amazones. Ces dernières survivent en volant les symbiotes Goa'uld des Jaffa ennemis. SG-1 essaye de changer les mentalités en leur proposant d'utiliser la trétonine au lieu d'avoir à tuer pour survivre.
Teal'c et Bra'tac découvrent de nombreux Jaffa gisant sur le sol. Ces derniers ont été abattus par un seul homme, un super soldat d'Anubis, totalement insensible à toutes les armes conventionnelles. Daniel décide de partir pour le Honduras afin d'y trouver l'appareil à l'origine des sarcophages Goa'uld qui est par ailleurs à l'origine du mythe de la fontaine de Jouvence. C'est la seule source d'étude pouvant être utile pour la lutte contre les supers soldats d'Anubis. Mais Daniel est capturé par les rebelles locaux...
Alors que Daniel est prisonnier des rebelles honduriens, Carter, Jacob et Teal'c découvrent l'origine des supers soldats et y mettent un terme avant de quitter Tartarus. Pendant ce temps, O'Neill porte secours à Daniel.
Au cours d'une mission de routine à bord du Prométhée, un vaisseau non identifié ouvre le feu sans préavis sur le vaisseau terrien. Privé d'hyperpropulsion, l'équipage du Prométhée est téléporté sur le vaisseau non identifié, alors que Carter reste inconsciente pendant l'évacuation. Cependant, le nuage dans lequel le vaisseau a arrêté sa course semble être à l'origine de nombreux faits mystérieux.
Lorsque les Kelowniens découvrent un important gisement de Naquadria, la joie de cette découverte est rapidement occultée par le fait qu'elle serait également à l'origine d'une réaction en chaîne aboutissant à la destruction de la planète Langara si le processus de conversion du Naqahdah en Naquadria n'est pas stoppé au plus vite. Jonas est envoyé sur Terre afin de solliciter l'aide du SGC.
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Dernière apparition de : Jonas Quinn (Corin Nemec)
Osiris s'immisce dans les rêves de Daniel dans le but de lui faire trouver où se situe la cité perdue des Anciens. Cependant, SG-1 découvre la supercherie et élabore un plan afin de piéger Osiris et l'ôter de Sarah Gardner.
Alors que Samantha Carter et son père sont en train de finaliser l'arme censée neutraliser les supersoldats d'Anubis, le site Alpha est attaqué par les Goa'ulds. Par ailleurs, les tensions au sein de l'alliance entre Jaffas, Tok'ra et Tau'ri pour lutter contre les Goa'ulds atteignent un point de rupture.
Une équipe de journalistes est chargée de réaliser un documentaire sur le projet Porte des Étoiles mais elle est très loin d'être bien accueillie par le SGC. D'autre part, SG-13 part en mission et découvre des ruines Anciennes, mais un étrange robot les attaque. Ce dernier pourrait bien être un éclaireur Goa'uld...
SG-1 découvre une humaine créée en laboratoire par le NID. Cette dernière, possédant les connaissances des Goa'uld est également atteinte de schizophrénie. Cependant, elle cède involontairement le contrôle de son corps à la partie Goa'uld qui sommeille en elle lors de crises.
Le nouveau Président des États-Unis apprend l'existence de la Porte des Étoiles et se retrouve en pleine lutte de pouvoir entre d'une part l'Armée, qui veut conserver le contrôle de la porte, et son Vice-Président, qui veut les en déposséder par tous les moyens. Car, malheureusement pour le SGC, ledit Vice-Président est Robert Kinsey, et il est plus obsédé que jamais par le contrôle absolu de la Porte des Étoiles.
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Cet épisode se concentre plus sur les intrigues politiques entourant la Porte des Étoiles que les missions de SG-1, qui n'apparaissent que dans des flashbacks.
Kinsey se débrouille pour faire muter le général Hammond et met le docteur Elizabeth Weir à sa place à la tête du SGC. Parallèlement, une nouvelle banque des données des Anciens est trouvée mais O'Neill préfère renouveler la douloureuse expérience de la transférer dans son esprit plutôt que de l'abandonner à l'armée d'Anubis.
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O'Neill développe la théorie que Mr Burns, dans Les Simpsons, est un Goa'uld.
O'Neill, dont le savoir Ancien commence de plus en plus à prendre le pas sur sa personnalité, emmène SG-1 sur Praclarush Taonas, une planète visiblement indispensable pour la recherche de la cité perdue des Anciens, ultime moyen d'empêcher Anubis de réaliser son dessein.