Michael Shanks a grandi à Kamloops, en Colombie-Britannique. À 16 ans, il envisage de devenir joueur professionnel de hockey, puis compte faire des études de comptabilité et de commerce avant d'être finalement inspiré par Richard Dean Anderson, alors en plein tournage de MacGyver[1]. Après avoir été diplômé de l'Université de la Colombie-Britannique, il a obtenu un baccalauréat en 1994, et obtient son second diplôme en Beaux-Arts. Son père travaille dans le secteur forestier.
Il est apparu dans plusieurs productions théâtrales et a eu un apprentissage de deux ans avec le prestigieux Festival de Stratford en Ontario. Il fait des apparitions dans des séries télévisées comme Highlander et University Hospital ainsi que dans le téléfilm Face au Silence. Il a également eu un petit rôle dans le film The Call of the Wild: Dog of the Yukon. En 1997, il obtient le rôle de Daniel Jackson dans la série Stargate SG-1, aux côtés de Richard Dean Anderson et en reprenant le rôle du docteur Daniel Jackson, rôle joué par l'acteur James Spader dans le film original. Il devient l'un des producteurs exécutif de la série en 2004. Il fait également la voix de Thor dans la version originale de la série.
Il quitte néanmoins la série au bout de cinq saisons[2]. Il apparaît dans les épisodes 6, 19 et 22 de la sixième saison, remplacé par Corin Nemec jouant Jonas Quinn, puis réapparaît à temps plein à partir de la septième saison. Au cours de la dixième et dernière saison de la série, il a signé pour 16 des 20 épisodes, et il eut un peu de temps libre pour la naissance de son fils et troisième enfant, Samuel David, le qu'il a eu avec sa seconde épouse, Lexa Doig.
Il a vécu avec Vaitiare Hirshon (Sha're dans Stargate SG-1) et ont eu une fille, Tatiana, née le . Le , il se marie à Lexa Doig (Carolyn Lam dans Stargate SG-1). Ils ont une fille, Mia Tabitha, née le , et un fils, Samuel David, né le . Le couple est toujours marié actuellement[3].
