La saison 2 de The X-Files propulse la série dans la catégorie des valeurs sûres du petit écran. Encensée par la presse, lauréate du Golden Globe de la meilleure série télévisée dramatique, la série obtient une visibilité auprès du grand public. Le succès de la série permet à l’équipe de Chris Carter de travailler avec le FBI, jusque-là réticent à lui ouvrir ses portes. L'équipe de production double de volume. Certains épisodes, devenus de vrais mini-films, nécessitent plusieurs unités de tournage et les scénarios sollicitent toute l'intelligence des spectateurs. La grossesse de Gillian Anderson offre l'occasion d'une bifurcation sans retour : la mythologie, un fil rouge novateur, naît de la tentative d'exploiter le potentiel de son absence forcée. Désormais, le tiers des histoires formeront un puzzle complexe et haletant, une énorme toile globale que seule la fidélité du fan de la série permet de comprendre.
Le retour de Rob Bowman derrière la caméra et les premiers scripts de Frank Spotnitz se conjuguent pour annoncer la nouvelle donne : la série va peu à peu s'avérer indissociable de sa mythologie. La saison, suivie chaque semaine par en moyenne 14,5 millions de téléspectateurs aux États-Unis[1], s'achève par l'épisode Anasazi sur un cliffhanger.
Le service des Affaires Non-Classées a malheureusement été fermé. L'agent Fox Mulder se retrouve ainsi muté aux écoutes téléphoniques alors que Scully s'occupe de médecine légale à l'Académie du FBI à Quantico. Mais Mulder remarque qu'un récepteur radio-astronomique Portoricain a retranscrit un message sans doute extraterrestre. Mulder part alors à Porto Rico sur la trace de cette manifestation extraterrestre.
Un corps décomposé est trouvé dans les égouts de Newark, après l'autopsie, Scully trouve un parasite vivant à l'intérieur du corps. Un employé est attaqué et mordu par quelque chose dans les égouts…
Un médecin à la retraite appelle les pompiers mais une fois sur place, les hommes du feu ne trouvent pas trace d'incendie. Pourtant, le médecin est mort et l'autopsie laisse croire à une immolation par le feu. Mulder et Scully enquêtent sur le passé de ce médecin et découvrent qu'en compagnie d'autres chercheurs, il a créé une unité militaire active pendant la guerre du Vietnam qui a subi une opération pour ne plus avoir besoin de sommeil.
Un ex agent du FBI s'est échappé de l'hôpital psychiatrique et détient plusieurs otages dans une agence de voyage. Mulder et Krycek sont envoyés pour aider aux négociations puisque l'homme affirme avoir été enlevé par des OVNIS.
Duane Barry s'échappe à nouveau et se dirige vers les montagnes avec Scully qu'il a enlevée…
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C'est l'acteur lui-même qui a réalisé la cascade sur le toit du téléphérique, mettant sa propre vie en danger. En effet, d'après Chris Carter, « David aime réaliser ses propres cascades ». Il avoue d'ailleurs que ce jour-là, toute l'équipe « a eu très peur »[2],[3].
La tagline change : Deny Everything (« Niez en bloc »).
Après l'épisode du téléphérique, on peut entendre les noms de Mitch Pileggi et Chris Carter (condamnés à 18 mois de prison et 100 000 $ d'amende) à la radio.
Skinner a rouvert les affaires non-classées, mais Mulder a du mal à travailler sans Scully qui est toujours portée disparue. Mulder part enquêter à Los Angeles sur des meurtriers de la trinité, une réunion de trois personnes ne formant qu'un seul dieu, des tueurs qui boivent le sang de leurs victimes.
Scully réapparait mystérieusement dans le coma dans un hôpital, Mulder, furieux, essaye de trouver les responsables de son état.
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À noter que dans cet épisode, et pour la première fois dans la série, il est fait mention du réseau Internet (par l'un des membres des Lone Gunmen). Cela est notable étant donné qu'au moment de sa diffusion aux États-Unis (automne 1994), ce réseau n'en était qu'à ses tout débuts ; alors qu'en Europe, à cette époque-là, il était encore quasiment inexistant (voire inconnu). Lorsque cet épisode fut diffusé en France, presque un an plus tard, Internet avait alors acquis une certaine renommée, même si son développement n'en était encore qu'à ses balbutiements, ce qui rend remarquable sa mention dans cet épisode.
Une base scientifique basée près d'un volcan n'émet plus de contacts radios. Arrivés sur place, Mulder et Scully découvrent que les chercheurs se cachent du chef d'expédition, car son comportement les effraie.
Dans une maison de retraite, une infirmière est agressée par un fantôme. Mulder et Scully, progressivement, découvrent que les pensionnaires de la maison de retraite ont des comportements bizarres, et semblent accro à certaines pilules.
Un cadavre est découvert dans le cadre d'une affaire datant de 1940. Simultanément, des meurtres sont commis selon le modus operandi de l'assassin recherchés des dizaines d'années auparavant.
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Harry Cokely regarde un film noir et blanc avec Cary Grant en vedette.
Dans un lycée du New Hampshire, le principal, son adjoint, un prof de gymnastique et le psychologue de l'école expédient les affaires courantes de l'établissement, avant de s'adonner ensemble à un rite satanique. Dans une forêt voisine, un groupe de quatre adolescents tentent de pratiquer un rite de magie noire sur une souche. Contre toute attente, une explosion se produit, les lycéens, apeurés, s'enfuient en courant. Le lendemain, le corps de l'un des ados est retrouvé mort et atrocement mutilé.
À Folkstone, Virginie, un soldat des Marines, stationné près d'un camp de réfugiés immigrants, se tue au volant de sa voiture en se jetant délibérément contre un arbre. Mulder et Scully sont appelés par sa veuve afin d'enquêter sur la mort du soldat; mort qui est considérée comme un suicide par l'armée. La femme du soldat est, elle, persuadée que le décès de son mari est dû à une malédiction vaudou. En voulant examiner le corps pour y pratiquer une autopsie, Mulder et Scully découvrent qu'un chien a remplacé le corps du défunt…
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L'histoire s'inspire un peu de la légende du Baron Samedi.
Dana Gladestone : Dr. Landon Prince / Gregor Clone
Résumé détaillé
Un hélicoptère se pose sur une base militaire en pleine nuit, des hommes en descendent une civière sur laquelle Mulder est allongé, et le transfèrent en salle d'urgence. Scully fait alors irruption dans la salle d'opération, en pleine réanimation, et supplie le docteur de ne pas réchauffer le corps de Mulder qui risquerait alors de mourir…
Scully est enlevée par le chasseur de primes extraterrestre qui avait pris l'apparence de Mulder et qui propose ensuite à celui-ci d'échanger Scully contre Samantha, la sœur disparue de Mulder qu'il vient tout juste de retrouver. Samantha expose alors à son frère un plan pour tuer le chasseur de primes.
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Plus de 140 tonnes de neige ont été transportées sur le plateau de tournage, puis réfrigérées en continu pendant 5 jours[4],[3].
Dans l'Idaho, une force invisible sans pareille saccage une partie de la ville comme si un éléphant invisible ravageait tout sur son passage. Le lendemain, un éléphant est retrouvé mort sur une route de campagne à proximité.
Des jeunes marins se mutinent sur un vaisseau, et s'enfuient à bord d'une chaloupe. Ils sont récupérés, quelques heures plus tard, par les secours, mais ils ont vieilli de soixante ans. Mulder et Scully se rendent sur le bateau, mais, très vite, ce sont eux qui commencent à vieillir de manière inexpliquée.
Une famille sans histoire est soudain victime de plusieurs accidents terribles. L'aîné des enfants est soupçonné mais celui-ci accuse son frère jumeau mort-né qu'il n'est pas censé connaître.
Un prisonnier reçoit un mystérieux paquet contenant un morceau de viande contaminée par un virus extrêmement contagieux. Il meurt rapidement mais deux prisonniers qui le côtoyaient s'évadent de la prison.
Une ancienne élève de Dana Scully demande au FBI de l'aider pour sa première enquête portant sur un certain nombre de disparitions avec très peu d'indices. Mulder penche pour l'idée de la combustion humaine spontanée mais il doute en croisant une personne qui a peur de sa propre ombre.
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Mulder et Scully font référence à Tooms, de l'épisode Compressions (première saison), en soupçonnant la climatisation.
l'actrice jouant le détective Ryan joue également un rôle dans l'épisode "masculin-féminin" de la même saison.
Dans une petite ville de l'Arkansas, des crises de folie de certains citoyens succèdent à la disparition d'autres. Une victime de ces crises manifeste outre des tissus ravagés par la maladie de Creutzfeld-Jacob une étonnante jeunesse apparente.
Un jeune indien Navajo découvre dans le désert du Nouveau-Mexique une étrange structure mise au jour après un tremblement de terre. Il en ramène un étrange cadavre de petite taille ressemblant à ceux des Petits-gris. Par ailleurs, un hacker est arrivé à accéder à des données confidentielles du département de la Défense des États-Unis sur la surveillance des ovnis et découvre la preuve du lien qu'il y a entre le gouvernement et les extraterrestres depuis une cinquantaine d'années.
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Plus de 6 000 litres de peinture rouge ont été nécessaires à la réalisation de cet épisode, qui prend place dans le Nouveau-Mexique[5].
La popularité de la série décolle après le cliffhanger de cet épisode[6]. En effet, le buzz généré à la suite de sa diffusion fait du 1er épisode de la saison 3 un événement très attendu. C’est ainsi que le , cet épisode réunit 19,90 millions de téléspectateurs.
On peut apercevoir brièvement Chris Carter, lors d'une réunion entre Scully, Skinner, et d'autres responsables du FBI.
La tagline change : Éí ’aaníígóó ’áhoot’é (« La vérité est ailleurs » en navajo[7]).
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