En septembre 1792, Choudieu est réélu député du département du Maine-et-Loire, le premier sur onze, à la Convention nationale[7].
Il siège sur les bancs de la Montagne. Lors du procès de Louis XVI, il vote la mort et rejette l'appel au peuple et le sursis à l'exécution[8]. Il ne participe ni au scrutin sur la mise en accusation de Jean-Paul Marat en avril 1793[9], ni à celui sur le rétablissement de la Commission des Douze en mai de la même année[10].
Proscrit sous le Consulat pour avoir été mis en cause dans l'attentat de la rue Saint-Nicaise, il se réfugie en Hollande et ne revient en France que sous l'Empire. Banni en 1816 comme régicide, il s'installe en Belgique.
↑Archives parlementaires de 1787 à 1860, Première série, tome 62, séance du 13 avril 1793, p. 63.
↑Archives parlementaires de 1787 à 1860, Première série, tome 65, séance du 28 mai 1793, p. 538.
↑Alphonse Aulard, Recueil des Actes du Comité de Salut public, tome 2, Représentants en mission, séance du 8 mars 1793, p. 285.
↑Ibidem., Représentants en mission, séance du 9 mars 1793, p. 301.
↑Françoise Brunel, « Les derniers Montagnards et l'unité révolutionnaire », Annales historiques de la Révolution française, vol. 229, no 1, , p. 385–404 (DOI10.3406/ahrf.1977.1009, lire en ligne, consulté le ).
↑Alphonse Aulard, Recueil des Actes du Comité de Salut public tome 21, Comité de Salut public, séance du 13 germinal an III (2 avril 1795), p. 462-463.