De 1993 à 1995, Snyder est adjoint administratif de l’entraîneur, Mike Krzyzewski, lors qu'il obtient son diplôme à l'université Duke. Après avoir terminé ses deux diplômes en 1995, Snyder devient un des entraîneurs adjoints à temps plein des Blue Devils de Duke sous Krzyzewski. En 1997, il est promu au poste d’entraîneur adjoint en chef. Duke participe aux tournois NCAA en 1994 et 1999 et à l'Elite Eight en 1998. Duke remporte également le tournoi de l’ACC en 1999[1].
Tigers du Missouri
En 1999, Snyder accepte le poste d’entraîneur principal de l’équipe des Tigers du Missouri. Il mène les Tigers à quatre participations consécutives au tournoi NCAA, y compris à l’Elite Eight en 2002[2].
En 2001, les Tigers remportent leur première victoire au tournoi NCAA depuis 1995. Ils sont éliminés par Duke au tour suivant.
Snyder démissionne de son poste d’entraîneur des Tigers le à la suite d’une défaite de 26 points contre Baylor, qui prolonge la série à 6 défaites et fait tomber les Tigers à un bilan de 10-11 (dont 3-7 dans la Big 12 Conference). Il termine avec un bilan global de 126-91 sur sept ans, atteignant le tournoi NCAA dans chacune de ses quatre premières saisons, mais affichant seulement un bilan de 42-42 depuis[3].
Dans la première saison, l’équipe de Snyder atteint la finale de la ligue. Au cours de sa deuxième saison, Snyder mène les Toros à une saison de 32 victoires. Il est entraîneur dans le All-Star Game de la D-League en 2009 à Phoenix et reçoit le titre d'entraîneur de l’année, tout en atteignant les demi-finales de la D-League. Dans sa dernière saison avec l’équipe, les Toros remportent aussi 32 victoires et atteignent de nouveau les demi-finales. Pendant ses trois ans à Austin, Snyder remporte plus de victoires et son effectif comprend plus de joueurs qui iront ensuite en NBA que tout autre entraîneur de la D-League.
National Basketball Association
76ers de Philadelphie
Snyder devient membre de l'équipe de développement des joueurs pour les 76ers de Philadelphie, le , travaillant sous Doug Collins. Peu de temps après, Snyder commence à entraîner les espoirs, lors de séances d’entraînement précédant la draft 2010 de la NBA, y compris le futur joueur des 76ers Evan Turner. Les 76ers terminent avec un bilan de 41-41 au cours de la saison 2010-2011.
Lakers de Los Angeles
Le , l’équipe des Lakers de Los Angeles embauche Snyder comme adjoint de l’entraîneur Mike Brown. Au cours d’une saison marquée par un lock-out, les Lakers terminent la saison 2011-2012 à la première place dans la division Pacifique avec un bilan de 41-25. Les Lakers se qualifient pour les playoffs et sont éliminés en demi-finales de la conférence Ouest.
Passage en Europe
CSKA Moscou
Le , l'équipe russe du CSKA Moscou embauche Snyder comme entraîneur adjoint d'Ettore Messina[6]. Le CSKA atteint le Final Four de l'Euroligue cette saison, mais perd face à l'Olympiakos en demi-finale. Il remporte tout de même la VTB United League cette saison avec le CSKA.
Retour en NBA
Hawks d'Atlanta
Le , les Hawks d'Atlanta embauchent Snyder comme entraîneur adjoint.
Jazz de l'Utah
Annoncé favori[7], le , Quin Snyder est nommé entraîneur du Jazz de l'Utah au poste laissé vacant à la fin de la saison régulière par Tyrone Corbin[8]. Le , le Jazz annonce une prolongation de contrat à long terme pour Snyder[9]. En , Snyder est finaliste pour le titre d’entraîneur de l’année en NBA[10]. Le , il est prolongé pour plusieurs saisons supplémentaires par le Jazz[11],[12].
Le 5 juin 2022, il quitte son poste d'entraîneur du Jazz de l'Utah après huit ans d'exercice avec la franchise de Salt Lake City[13].
Hawks d'Atlanta
Lors de la saison 2022-2023, les résultats des Hawks d'Atlanta sont décevants (29 victoires et 30 défaites en février) et l'entraineur Nate McMillan est limogé en février[14],[15]. Snyder est embauché au poste d'entraîneur quelques jours plus tard avec un contrat sur cinq saisons[16].