C'est le lieu mythique d'où partirent les Héraclides pour leur retour dans le Péloponnèse, là où ils bâtirent leur bateau. D'après le pseudo-Apollodore, c'est de là que viendrait son nom : ναύς (naus), « le bateau, le navire » et πήγνυμι (pêgnumi, pêgnymi), « fixer ».
Au IXe siècle Naupacte devient aussi la capitale du thème militaire de Nicopolis. En 1084 elle repousse un assaut des Normands d'Italie venus par la mer, mais en 1215 elle tombe aux mains des Vénitiens. Les Grecs d'Épire la reprennent quinze ans après. En 1394 Naupacte est prise par les Italiens d'Athènes qui l'appellent Lépante, puis est reprise par les Grecs byzantins en 1430. Les uns et les autres la fortifient si solidement qu'elle résistera, en 1477, à un siège de quatre mois mené par une armée turque de 30 000 hommes. En 1499 toutefois, les troupes de Bayezid II parviennent à prendre Naupacte/Lépante. La bataille de Lépante, en 1571, se déroule au large de cette ville. En 1678, la ville est reprise par les Vénitiens, mais ils doivent la rendre aux Turcs en 1699 à la suite du traité de Karlowitz. Elle redevient finalement possession grecque en mars 1829.