Lapointe a remporté la Coupe Stanley à deux reprises avec les Red Wings en 1997 et en 1998. En 2001-2002, il a signé un contrat avec les Bruins de Boston, avec qui il a disputé trois saisons. Depuis la saison 2005-2006, il joue avec les Blackhawks de Chicago. Il a été nommé capitaine de l'équipe pour la deuxième moitié de la saison 2005-06, à la suite de la blessure d'Adrian Aucoin qui l'a gardé à l'écart pour le reste de la saison.
Le , il passe aux mains des Sénateurs d'Ottawa en retour d'un choix de sixième ronde au repêchage de 2008.