Le Marion Dufresne appartient au territoire des TAAF et est armé par Louis Dreyfus Armateurs. Immatriculé à Marseille, il est basé à La Réunion. Il réalise principalement deux missions :
Au cours d’une mission australe d'environ un mois, il effectue les relèves de personnels, le ravitaillement en vivres, matériels et carburants sur l’île de la Possession, principale île de l'archipel Crozet, sur les îles Kerguelen, et enfin sur l’île Amsterdam. Il passe également par l’île Tromelin, en début ou en fin de mission[réf. nécessaire].
En , il ramène 500 tonnes de déchets après une rotation exceptionnelle dans les îles Éparses[4].
Le matin du , le Marion-Dufresne, après avoir ravitaillé le refuge de Pointe Basse sur l'île de la Possession, heurte un haut-fond. Il en résulte une entaille de 25 mètres à bâbord de la coque. Il est mis au mouillage dans la baie du Marin. L'avarie provoque l'annulation de la tournée de ravitaillement des îles Kerguelen et Amsterdam ainsi que la quatrième opération de ravitaillement prévue dans l'année[5].
En 2015, le navire a subi une refonte aux chantiers Damen de Dunkerque pour lui permettre de continuer à naviguer une quinzaine d'années[6].
Lors du Vendée Globe 2016, le Marion-Dufresne participe à une mission de sauvetage à 150 milles au nord-est des îles Crozet. Le , à 1 h 30 du matin, heure française, il récupère Kito de Pavant dont le voilier a percuté un objet flottant non identifié (OFNI) : une importante voie d'eau mettait le navigateur en danger[8].
En 2023, il est utilisé pour apporter depuis La Réunion de l'eau potable à Mayotte, soumise à des restrictions critiques[9].
À la suite du cyclone Chido qui a dévasté Mayotte le , le Marion Dufresne est mis à disposition pour la gestion de crise avec à son bord un hélicoptère destiné aux missions de reconnaissance et de secours[10].
Navire à multiples usages
Ce bateau a été conçu pour réaliser simultanément différentes fonctions :
recherche scientifique avec 650 m2 de laboratoires, un système de treuillage pour la manipulation d'engins et matériels lourds, un sondeur multifaisceaux et un carottier (qui permet les prélèvements les plus longs au monde, de plus de soixante mètres[11],[12])[13] ;
transport du personnel des bases des TAAF et des visiteurs (110 passagers) ;
transport de conteneurs et de colis lourds (capacité de 4 600 m3), deux grues jumelables de 25 tonnes et trois autres grues de service ;
La Désolation, une bande dessinée d'Appolo et Gaultier, aux éditions Dargaud, sept. 2021, 96 P. Cet album relate l'histoire d'un réunionnais, Jean-Louis (Evariste) Payet, qui voyage un mois durant sur le Marion Dufresne pour rejoindre les îles Kerguelen.