Avec son époux Jacques François Stuart, qu'elle a épousé le [1], elle s'établit à Rome où son parrain, le pape Clément XI, lui a offert le palais Muti ainsi qu'un manoir dans les environs d'Albano (Latium) et des apanages de 12 000 couronnes prélevés sur la dîme. Après la naissance de son fils cadet en 1725, Marie-Clémentine se sépare de son mari en l'accusant d'infidélité et en raison d'un différend sur l'éducation de leur fils aîné ; elle se retire dans un premier temps au couvent Sainte-Cécile de Rome. Elle reste séparée de son mari, s'installe au palais Muti, s'adonne aux œuvres de charité ; elle décède deux ans plus tard, le [2].
Elle épouse Jacques François Stuart au palais épiscopal de Montefiascone à Rome le . Ils ont deux fils :
Charles Édouard Louis Jean (1720-1788), dit Bonnie Prince Charlie, prétendant des Stuart aux couronnes anglaise et écossaise sous le nom de Charles III.