Fille de Robert II (1506 † 1536), comte de La Marck, seigneur d'Arenberg et de Mirwart, issu d'une branche cadette de la célèbre famille, et de sa femme, Walburge d'Egmond[1] (1500 † 1547), Marguerite hérita très jeune des titres et des biens de son frère aîné Robert III de La Marck à la mort de ce dernier en 1544, sans héritiers de son mariage avec Anne van Glymes-Berghes (1492-1541). Deux sœurs cadettes complétaient la fratrie : Marie, mariée à Sébastien de Helfenstein et Mathilde, mariée au landgrave Louis-Henri de Leuchtenberg.
Philippe II, durant tout son règne, lui témoigna la plus grande considération et lui prouva aussi qu’il gardait le souvenir des services de son mari : il lui fit ainsi compter dix mille florins lors de l’établissement de chacune de ses deux filles. En 1588, il lui accorda une pension de deux mille florins, outre une gratification de douze mille florins. Dans les dernières années de sa vie, elle s’était retirée à Sevenberg, comme en une espèce de lieu neutre.
Sous le gouvernement de la comtesse Marguerite, le château d'Arenberg fut agrandi et une nouvelle chapelle construite en 1576. La comtesse mit en place dans ses Etats un système de répartition par provinces (« Landesordnung ») et encouragea l'exploitation minière et la métallurgie, établissant un code forestier destiné à répondre aux besoins en charbon de bois pour la fonte. Elle joua également un rôle important aux Pays-Bas espagnols et à la cour impériale un rôle important, qui lui valurent à elle et à son fils Charles d'être créés princes d'Empire en 1576.
Enfin, fervente catholique, elle s'investit dans la lutte contre la sorcellerie, contre laquelle elle publia un règlement en 1593.
Par une stipulation de leur contrat de mariage, leurs enfants devaient prendre et relever le nom et les armes d’Arenberg, ce qui a été observé. Ensemble, ils eurent :
María Manuela ( † ), mariée à Madrid, avec Agustín Hurtado de Mendoza , 7ecomte de Orgaz(es), sans postérité ; mariée en 1713 avec Jaime Fernández de Híjar de Portugal y Silva (né en 1695), dont un fils ;
Jean Baptiste Pierre Jullien de Courcelles, Histoire généalogique et héraldique des pairs de France : des grands dignitaires de la couronne, des principales familles nobles du royaume et des maisons princières de l'Europe, précédée de la généalogie de la maison de France, vol. 5, L'Auteur ; Bertrand, (lire en ligne) ;
Charles J. de Francquen, Recueil historique, généalogique, chronologique et nobilitaire des maisons et familles illustres et nobles du royaume des Pays-Bas, (lire en ligne) ;
La Belgique héraldique : La recueil historique, chronologique, généalogique et biographique complet de toutes les maisons nobles, reconnues de la Belgique ..., vol. 1, Typ. de G. Adriaens, (lire en ligne) ;
M. De Montpleinchamp, Aimé Louis Philémon de Robaulx de Soumoy, Histoire de l'archiduc Albert : gouverneur général puis prince souverain de la Belgique, Société de l'histoire de Belgique, , 651 p. (lire en ligne) ;
