L'école Saint Charles fut créée en 1849 par l'évêque de Saint-Brieuc et Tréguier d'origine yffiniacaise, Jacques Jean Pierre Le Mée. La devise religioni et patriæ floreant indique nettement le but de l'école : faire des hommes, qui soient de bons chrétiens et de bons Français.
De la part des maîtres il est demandé, sollicitude et dévouement ; de la part des élèves, docilité, amour de l'ordre et du travail, piété, respect de l'autorité, des mœurs et des bienséances.
D'abord située rue Saint Benoît, puis dans l'aile sud du séminaire (actuellement rue du vieux séminaire), c'est l'abbé Victor Rogerie (1810-1868), père de la Congrégation de Sainte-Croixdu Mans qui, à partir de 1859 et jusqu'en 1864, entreprendra la construction de l'actuel établissement de la rue Cordière. Le R. P. Rogerie fit appel à M. Meslay, ancien élève de Sainte-Croix, qui s'inspira des plans de l'abbé Jules Collin, maître de chapelle de la cathédrale pour concevoir les plans du futur établissement. Un corps de logis de près de 60 mètres, flanqué de deux ailes de 50 mètres, avec au centre une chapelle de 30 mètres, une sacristie et de part et d'autre deux chapelles latérales, sous la chapelle une crypte.
Le corps principal et l'aile droite furent achevées en 1863. Le , les fouilles de la chapelle souterraine commencèrent. Le Père Rogerie, après toute une nuit à écrire une quarantaine de lettres pour obtenir de l'argent (les ressources matérielles faisant défaut), passa à l'étude où travaillaient une quinzaine d'élèves en retenue et les emmena du Séminaire à la rue Cordière, pour l'aider à creuser les fondations de la crypte.
Le futur académicien Louis Duchesne en soutane (quart droit, second rang), au lycée Saint-Charles vers 1867-1871
Après sa mort, en février 1868, le Révérend Père Rogerie fut enterré sous la crypte, la pierre tombale portant des inscriptions en latin est toujours visible aujourd'hui. De 1869 à 1883 la direction de l'école sera confiée au Tiers-Ordre enseignant de Saint Dominique, pendant cette période seront créées, l'académie d'émulation, la conférence Saint-Yves et la conférence de Saint-Vincent-de-Paul. En 1884, les marianistes prendront la direction l'école ils contribueront à assurer sa renommée. Ils seront remplacés à partir de 1933 par le clergé séculier.
L'école avait des classes préparatoires à la navigation dites Cours de Flotte, pour préparer au concours d'entrée à l'École Navale.
En 2015, le lycée se classe 6e sur 21 au niveau départemental quant à la qualité d'enseignement, et 1024e au niveau national[1]. Le classement s'établit sur trois critères : le taux de réussite au bac, la proportion d'élèves de première qui obtient le baccalauréat en ayant fait les deux dernières années de leur scolarité dans l'établissement, et la valeur ajoutée (calculée à partir de l'origine sociale des élèves, de leur âge et de leurs résultats au diplôme national du brevet)[2].
Étienne Blandin (1903-1991), historien et peintre de la Marine, élève en 1919.
Yves-Dominique Mesnard (1909-1987), membre de l'Académie de marine, aumônier de la Marine nationale, créateur des associations Jeunesse et Marine et Cap vrai.
Yann Fouéré (1910-2011), haut fonctionnaire et militant nationaliste breton.
↑Matthieu Lasserre, « Abus sexuels dans l’Église : nouvelles révélations sur le fondateur de l’Ircom d’Angers », La Croix, (lire en ligne, consulté le ).
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