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La ligne J fonctionne en continu, mais son parcours diffère entre la semaine et le weekend. En semaine, elle circule entre la station de Jamaica Center – Parsons/Archer dans le Queens et Broad Street à Manhattan, tandis que le weekend, son terminus devient Chambers Street, toujours à Manhattan. En outre, elle est express en semaine entre Myrtle Avenue et Marcy Avenue, sautant ainsi trois stations. Pendant les heures de pointe, la J et la Z fonctionnent en skip-stop dans la direction la plus encombrée à l'est de Myrtle Avenue, les métros Z venant compléter la desserte J entre Myrtle Avenue et Broad Street.
Matériel Roulant
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