Joseph Vander Linden est le fils d'un notaire bruxellois Jean-Baptiste Vander Linden et de Catherine De Waefelaer[2].
Le , après que l'armée du royaume uni des Pays-Bas s'est repliée hors de Bruxelles, une « Commission Administrative » est immédiatement créée à l'hôtel de Ville de Bruxelles. Vander Linden en devient le trésorier et le secrétaire de cet premier embryon d'administration, qui quelques jours plus tard adopte le nom de Gouvernement provisoire, dont le premier objectif est de rétablir l'ordre et de négocier avec l'armée officielle. Il y travaille au secrétariat en collaboration avec Joseph-Ferdinand Toussaint.
En 1835, il épouse Sylvie De la Rue, la veuve du peintre Joseph Odevaere.
Après l'indépendance, en 1840, Vander Linden devient directeur du Trésor d'abord à Bruges puis à Mons.
Il est élu en 1846 à Bruges en qualité de conseiller communal libéral.