Il succéda jeune à son père et vécut dans une période de confusion, au milieu des factions qui divisaient l’entourage de Charles VIle Fou. Il soutint Louis d’Orléans et ravagea les terres de partisans des Bourguignons dans le Vermandois, puis participa aux prises de Saint-Denis et Saint-Cloud. Charles VI, alors qu’il assiégeait les ducs de Berry et de Bourbon à Bourges, envoya Louis d’Anjou contre Jean d’Alençon, qui dut faire sa soumission au roi, et l’accompagna aux sièges de Compiègne, Noyon, Soissons, Bapaume et Arras. Le roi l’arma chevalier devant Bapaume et érigea Alençon en duché-pairie en 1414.
Il fait sceller, le , de son sceau armorié un aveu de sa baronnie de Château-Gontier que Jean Dosdefer, son procureur, présenta le suivant aux assises d'Angers.
Henri V d'Angleterre envahit la France, et la rencontre des deux armées se fit à la bataille d’Azincourt. Lors de cette grande "desconfiture", Jean d’Alençon montra la même témérité que son ancêtre à Crécy, et y fut tué : il est souvent crédité d'avoir tué le duc d'York et blessé le duc de Gloucester avant d'attaquer Henry V. Il aurait, dans ses derniers instants, réussi à ôter d’un coup de hache la couronne fixée sur le cimier du roi d’Angleterre avant d'être tué par le noble gallois Dafydd Gam.
Son corps fut porté en l’abbaye de Saint-Martin de Sées, où il est enterré.
Franck Mauger, « Les Valois-Alençon : une présence armagnaque en Normandie », dans Anne Curry et Véronique Gazeau (dir.), La guerre en Normandie (XIe-XVe siècle), Caen, Presses universitaires de Caen, coll. « Symposia », (ISBN978-2-84133-889-4, lire en ligne), p. 159-178.