De 2002 à 2007, il est économiste en chef (« chief économist ») de l'OCDE, directeur du département des Affaires Économiques[3].
Il est nommé directeur général de l’Insee[4] lors du Conseil des ministres du .
Il est ensuite responsable de la recherche économique à la banque BNP Paribas[5].
Il a été membre de la Commission pour la libération de la croissance française dite Commission Attali qui a remis son rapport au président de la République le . Il est à noter que le rapport prône la transformation de l'Insee en agence (il n'est pas certain que cela représente l'avis personnel de Jean-Philippe Cotis).
Par décret du [6], il a été remplacé à la direction générale de l'Insee par Jean-Luc Tavernier à compter du .
A la fin du mois de , Jean-Philippe Cotis, alors économiste en chef de l'OCDE, écrivait :
« Dans ses Perspectives économiques de la fin de l'automne, l'OCDE considérait que le ralentissement américain ne constituait pas un signe annonciateur d'une période de faiblesse économique au niveau mondial, comme ce fut le cas, par exemple, en 2001. Il faut plutôt s'attendre à un léger rééquilibrage, où l'Europe reprendra aux Etats-Unis le rôle de moteur de la croissance des pays de l'OCDE.
La conjoncture récente a confirmé plus ou moins ce pronostic. En effet, la situation économique actuelle est, de bien des manières, meilleure que ce que l'on a connu depuis des années. Dans ce contexte, nous sommes restés fidèles au scénario de rééquilibrage. Notre prévision majeure reste en effet plutôt optimiste : un atterrissage en douceur des Etats-Unis, une reprise forte et soutenue en Europe, une tendance solide au Japon et une activité dynamique en Chine et en Inde. Conformément à des tendances récentes, la croissance soutenue des économies de l'OCDE devrait être accompagnée de créations d'emploi nombreuses et d'une chute du chômage[8] ».
Les travaux de Jean-Philippe Cotis ont porté pour l'essentiel sur les marchés du travail, les politiques macroéconomiques et la fiscalité.
Rapport sur la création d'un pôle statistique déconcentré à Metz
Il est chargé en 2008 en association avec Jean-Pierre Duport, de réaliser un rapport sur la création d'un pôle statistique déconcentré à Metz. Il y émet de sensibles réserves et s'y prononce pour une interprétation minimaliste des directives gouvernementales en ce domaine[9].
Selon ces travaux, le partage entre les salaires et les profits est stable depuis la fin des années 1980. Cependant, les salaires, qui représentaient les trois quarts de la valeur ajoutée au début des années 1980, sont revenus à leur niveau des années 1950, soit environ les deux tiers. La part des salaires dans ce partage serait en train de remonter depuis 2008.
Selon le rapport Cotis, « Il y a eu une stabilité parfaite entre 1987 et 2007, une forte baisse si on se réfère au point haut de 1982 (mais dont on admet généralement qu’il n’était pas un point d’équilibre), et une faible baisse si on se réfère à la période d’avant 1974, pour autant que la comparaison à des dates aussi éloignées puisse être pertinente.» [11].
Cette faible croissance est cependant inégale. Ceux qui ont eu vu leur salaire progresser plus que la moyenne sont aux deux extrémités de l’échelle. Les 10 % les moins payés ont légèrement profité du petit effet d’entraînement de la hausse du SMIC, tandis que les très hauts salaires ont fortement augmenté.
Par contre, les 10 % de plus hauts revenus marquent un écart beaucoup plus fort, puisque la part de revenus non salariaux, c’est-à-dire issus d’un patrimoine immobilier ou d’un portefeuille d’actifs financiers, est nettement plus importante chez les cadres dirigeants que chez les autres catégories de salariés.
« La part de la masse salariale perçue par les 1 % les plus riches (soit environ 130 000 individus) s’est accrue d’un point en dix ans, passant de 5,5 % en 1996 à 6,5 % en 2006. » Le partage de la valeur ajoutée apparait également très inégalitaire selon la taille et le secteur des entreprises.
Pratiquement aucun pays développé ne suit le même profil de courbe que celle de la France. Mais, pratiquement tous les pays se retrouvent dans la même situation en 2008, avec une part de la valeur ajoutée versée aux salaires légèrement inférieure à celle des années 1960.
La part de la valeur ajoutée consacrée au profit est stable depuis vingt ans. Cependant, son utilisation a connu de très fortes évolutions, notamment à cause du désendettement des entreprises françaises depuis les années 1980. « La charge d’intérêts s’est ainsi réduite, essentiellement au profit des versements de dividendes. » Ce constat cache d’importantes disparités, en particulier entre grandes entreprises et PME, car 16 % de ces dernières versent des dividendes[11].
Le Président Nicolas Sarkozy souhaite que les partenaires sociaux lui fassent part de leurs propositions sur les thèmes du «partage de la valeur ajoutée» soulevés par le rapport Cotis avant le [12].
Selon Pierre-Yves Geoffard, directeur de recherche au CNRS et professeur à la Paris School of Economics (PSE), cette étude ne prend pas en compte l’ensemble des revenus des ménages et ne reflète pas l’évolution des inégalités de revenus. Si l’on raisonne en termes de ménages, et non plus de salaires individuels, les inégalités sont non seulement plus fortes mais se sont également creusées, surtout entre le milieu et le haut de l’échelle. Les riches ayant tendance à se marier entre eux, l’écart réel entre un couple parmi les 10 % les plus riches et une famille monoparentale dont les revenus se situent dans les 10 % les plus bas est sans commune mesure avec le rapport de 1 à 3,5 observé quand on compare les seuls salaires de référence[13].
