Breveté détecteur en 1972, il embarque sur l'escorteur rapide Le Lorrain puis, successivement, sur les escorteurs d'escadreJauréguiberry et Forbin en tant que chef du « service détection ».
Jean-Louis Battet occupe également de nombreux postes dans les états-majors, notamment à la division « Plans ». Commandant de la zone maritime de l'océan Indien en 1998, il devient major général de la marine en septembre 1999.