En 2002, il devient entraîneur adjoint des Stingrays dans l'ECHL. En 2007, il est promu à un titre d'entraîneur-chef avec les Stingrays. En 2009, il mène les Stingrays à la Coupe Kelly. Après ce titre, il quitte l'ECHL et rejoint la Ligue américaine de hockey alors qu'il devient entraîneur adjoint du Heat d'Abbotsford. Il passe également deux saisons derrière le banc des Rivermen de Peoria comme entraîneur-chef.
Il rejoint les Falcons de Springfield en 2012 où il devient entraîneur-adjoint et devient entraîneur-chef deux ans plus tard. En 2015, les Blue Jackets de Columbus changent de club-école et sont désormais affiliés aux Monsters du lac Érié. Lors de cette saison, Bednar mène les Monsters à la Coupe Calder après vaincu les Bears de Hershey en finale. À la suite de ce succès, les Blue Jackets prolongent son contrat comme entraîneur des Monsters jusqu'à la saison 2018-2019[2].