Gérard-Guy Aymonin fait ses études primaires à Ainay-le-Vieil (Cher), puis ses études secondaires au lycée Montaigne à Paris de 1946 à 1953. Il fréquente, comme travailleur libre, deux laboratoires du Jardin des plantes : celui de paléontologie de Camille Arambourg, où il s'initie à la science des fossiles sous la direction de Jean Roger de 1950 à 1953, et celui de phanérogamie d'Henri Jean Humbert de 1952 à 1956[2]. Bachelier de la section sciences expérimentales en 1953 puis (licencié ès sciences) en sciences, il soutient l'année suivante un diplôme d'études supérieures de botanique. Il se sent définitivement attiré par cette discipline lors du Congrès international de botanique organisé à Paris en 1954 et à laquelle il prend une part active. Il envisagea de passer l'agrégation de sciences naturelles dans la perspective d'une carrière d'enseignant du second degré, lorsqu'Henri Humbert le recrute au Muséum national d'histoire naturelle en 1957 comme assistant dans la chaire de phanérogamie. Il est nommé maître-assistant en 1964, sous-directeur en 1967, puis devient professeur sans chaire en 1990 et enfin professeur en 1992. Pendant sa longue carrière, entièrement au Muséum, il connaît les directions successives de Henri Humbert, André Aubréville, Jean-François Leroy et Philippe Morat. Il est aussi membre de nombreuses sociétés savantes, notamment la Société botanique de France dont il est secrétaire général pendant 25 ans[2].
Jean-Jacques Amigo, « Aymonin (Gérard-Guy) », dans Nouveau Dictionnaire de biographies roussillonnaises, vol. 3 Sciences de la Vie et de la Terre, Perpignan, Publications de l'olivier, , 915 p. (ISBN9782908866506)
Philippe Jaussaud et Édouard-Raoul Brygoo, Du Jardin au Muséum en 516 biographies, Paris, Publications scientifiques du Muséum national d'histoire naturelle, coll. « Archives », , 632 p. (ISBN978-2-85653-565-3)
Anne-Marie Slézec, « Gérard Aymonin, une passion : la botanique », Jardins de France, no 615, (ISSN0021-5481, lire en ligne, consulté le )