Il est né le à Stettin, dans la province de Poméranie. Fritz Gerlich est l’aîné des trois fils de Paul Gerlich, grossiste en poisson. Il est élevé dans un environnement calviniste. Il obtient son diplôme d’études secondaires en 1901. Le , il épouse Sophie Stempfle à Munich, ville dans laquelle il poursuit ses études.
À côté de ses activités d’archiviste, Fritz Gerlich publie de nombreux articles sur les mouvements conservateurs, nationalistes et antisocialistes, dans les pages du Süddeutschen Monatsheften et dans celles du Die Wirklichkeit. En 1919, il publie le livre Der Kommunismus als Lehre vom Tausendjährigen Reich. De 1920 à 1928, il est le rédacteur en chef des Münchner Neueste Nachrichten(de), prédécesseur de l’actuelle Süddeutsche Zeitung. Il quitte ce journal le . Bien qu'une clause de son contrat précisât qu'il ne pouvait pas être licencié, il démissionne.
À la fin de 1923, après la tentative de coup d’État d’Adolf Hitler lors du putsch de la brasserie, Fritz Gerlich, jusque-là sympathisant du mouvement national-socialiste, se transforme en un critique engagé du NSDAP et en adversaire d’Hitler.
La résistance de Fritz Gerlich trouve ses racines dans le catholicisme social. Il a fait, en 1927, la connaissance de Thérèse Neumann, qui l’encourage dans son opposition au nazisme et sous l’influence de laquelle il se convertit au catholicisme. À l'origine, il voulait démasquer la « duperie » des stigmates que présentait Thérèse Neumann, mais Gerlich se convertit par la suite à la foi catholique. En 1929, il publia ses expériences et le résultat de ses études critiques sur Thérèse Neumann dans deux volumes aux éditions Kösel & Pustet.
Après la perte de son poste de rédacteur en chef, Fritz Gerlich travaille à nouveau comme archiviste et fonde en 1930 le périodique Der gerade Weg dont il fait, sur un ton polémique un outil de lutte contre le nazisme et le communisme. Il y écrit notamment dans l'édition du : « Voici ce que signifie le national-socialisme : le mensonge, la haine, le meurtre et une misère sans limites ». Il y est rejoint par Georg Bell(de) qui a quitté le parti nazi.
Après l’accession des nazis au pouvoir Georg Bell(de) sera abattu le .
Fritz Gerlich sera arrêté dans les bureaux de sa rédaction par des membres de la SA, le . Transféré au camp de concentration de Dachau, il y sera maltraité pendant ses 15 mois de détention avant d'y être assassiné lors de la nuit des Longs Couteaux.
Erwein von Aretin(de): Fritz Michael Gerlich. Prophet und Märtyrer. Sein Kraftquell. Verlag Schnell und Steiner, München 1983 (2. erg. Aufl. mit einem Vorwort von Karl Otmar von Aretin).
Rudolf Morsey: Fritz Gerlich (1883–1934) – Publizist aus Stettin. Ein früher Gegner Hitlers und des Nationalsozialismus. In: Baltische Studien, N.F. Band 97, 2011, (ISSN0067-3099), S. 157–179.
Georg Schwaiger(de): Art.: Dr. Fritz Michael Gerlich. In: Helmut Moll (Hrsg. im Auftrag der Deutschen Bischofskonferenz): Zeugen für Christus. Das deutsche Martyrologium des 20.Jahrhunderts (ISBN978-3-506-78012-6), 7. überarbeitete und aktualisierte Auflage. Paderborn u. a. 2019, Band I, S.: 479–481.
Wolfgang Görl(de), Schreiben gegen Hitler. Der Journalist Fritz Gerlich bekämpfte das NS-Regime – bis zu seiner Ermordung. In: Süddeutsche Zeitung, 16./17. Dezember 2017, S. R2 (Thema des Tages).
Rudolf Morsey (Bearb.): Fritz Gerlich – ein Publizist gegen Hitler. Briefe und Akten 1930–1934. Ferdinand Schöningh, Paderborn u. a. 2010 (ISBN978-3-506-77012-7).
