Lorsque la Révolution éclate en France, il se range du côté des républicains. En 1790, il devient sous-officier à bord du Prudence. La même année, il est promu capitaine de vaisseau et reçoit le commandement de L'Audacieux (80) dans la première grande flotte armée par la République. En 1793, il est fait contre-amiral, et nommé à la tête de la seconde escadre de la flotte à Brest, qui combat lors de la Bataille du 13 prairial an II, en 1794, contre la flotte de Lord Howe.
Jusqu'à la fin 1796, il continua à la tête d'une escadre française patrouillant dans la Manche. En décembre de la même année, on lui confia, en remplacement de Vence, une division de la flotte qui fut envoyée à Brest pour tenter d'emmener le général Hoche avec un corps expéditionnaire dans le sud de Irlande. La tempête frappe de plein fouet la flotte français dès qu'elle quitte Brest. Bouvet, qui se retrouve au matin du 17 décembre séparé avec neuf autres bateaux du reste de la flotte, ouvre ses ordres secrets, et découvre qu'il devait se rendre à Mizen Head. Il fait un détour pour éviter les patrouilles britanniques. Le il arrive à Dursey Island(en) à l'entrée de Bantry Bay. Le , il mouille près de Bear Island avec une partie de sa flotte. Le mauvais temps autour de Bantry Bay l'empêchant de faire débarquer ses troupes sur la terre ferme. Le soir du la tempête augmente encore d'intensité à tel point que la frégateImmortalité dans laquelle Bouvet avait stocké son drapeau, est emportée au large. Le vent diminua le , mais Bouvet, convaincu qu'aucun des bateaux de son escadre ne pourraient garder le mouillage dans la baie, décide de rentrer à Brest qu'il atteint le .
Son mérite, lors de cette expédition malheureuse, par rapport à ses collègues est l'énergie considérable qu'il dépense contrairement à eux. Cependant, il eut tort de penser que les navires ne pourraient pas mouiller à Bantry Bay. Le gouvernement, déçu par son retour précipité à Brest, lui retire son commandement peu après. Il est contraint d'ouvrir une école pour gagner de quoi vivre. Napoléon le rappelle au service, et lui confie une escadre de deux navires de ligne et quatre frégates pour occuper la Guadeloupe après la paix d'Amiens, à bord du Redoutable.
.png)
