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Elle prend la suite de FR3 Radio Franche-Comté qui diffusait en modulation de fréquence sur le réseau 1 (France Inter), le matin. Le premier décrochage local sur les ondes moyennes de France Inter a lieu en 1966[1]. En passant, sous la tutelle de Radio France, le 1er janvier 1983, elle change de nom pour devenir Radio France Besançon, et se voit doter en 1984/1985, d'un réseau FM 5, autonome, sur les départements de la Franche Comté, excepté l'Est (Territoire de Belfort et l'est du Doubs), desservi depuis fin 1982, par Radio Belfort (devenu Radio France Belfort).
Le , les radios locales de Radio France sont réunies dans le réseau France Bleu qui fournit un programme commun national que reprennent les programmes locaux des stations en régions.
Siège local
Le siège se situe au 2 place Granvelle à Besancon[2].