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Vicaire à Poitiers, il est ensuite professeur de philosophie dans un collège de Niort. A 28 ans, il est directeur diocésain de l'enseignement religieux, et en , devient délégué national à la catéchèse. Cette même année, il est victime d'un terrible accident de la route dont il sort miraculeusement vivant, mais qui l'impacte profondément.
Évêque auxiliaire de Bayonne puis évêque de La Rochelle
En , il est élu président de la Commission épiscopale de liturgie et de pastorale sacramentelle succédant ainsi à Adrien Gand, évêque de Lille. Il conservera cette fonction jusqu’en .
Une grande « fête du Peuple de Dieu » pour son accueil est organisée le au CNIT de La Défense, rassemblant près de 20 000 fidèles.
En , il est élu président de la Commission internationale francophone pour les traductions et la liturgie, prenant la suite de René Boudon, évêque de Mende ; il le restera jusqu'en . À ce titre il signe le Concordat cum originali de bien des livres liturgiques toujours en vigueur aujourd’hui.
Lors de son épiscopat à Nanterre, il développe l’appel au diaconat permanent, signe en les premières lettres de mission pour des laïcs (le diocèse de Nanterre est le premier à utiliser l’expression « Laïcs en charge ecclésiale », actuellement devenus « laïcs en mission ecclésiale »).
Après avoir lancé une réflexion sur la mise en place de Conseils et d’Équipes d’Animation Pastorale (EAP), il convoque un synode diocésain (–) sur le thème de la collaboration pour la mission des ouvriers de l’Évangile (prêtres, diacres et laïcs). Il en publie les actes sous le titre « À cause de l’Évangile ». Dans cette lancée, au cours du pèlerinage jubilaire du Diocèse à Rome (Pâques ), il présente au pape Jean-Paul II les orientations qu’il en tire sous le titre : « Chemins d’espérance ».
Sensible à l'évangélisation de tous les milieux — la mission sera un des thèmes récurrents de son épiscopat — c'est lui qui décidera la construction de la « Maison d’Église » Notre-Dame-de-Pentecôte afin d'avoir une présence dans le quartier d'affaires de la Défense. Il en pose la première pierre le .
Favreau aime beaucoup écrire et a produit de très nombreux documents durant son épiscopat à destination des catholiques du diocèse : réflexions, lettres et orientations pastorales…
Au service de la Conférence des Évêques de France, il est également membre de la commission doctrinale de à et du conseil permanent de à .
Avant ses 75 ans, il renonce à sa charge en : le pape Jean-Paul II accepte sa démission qui prend effet le .
Gérard Daucourt, jusque-là évêque d’Orléans, lui succède le .
Il devient alors évêque émérite de Nanterre et se retire dans sa région natale, le Poitou, où il continue de rendre des services pastoraux.
Il reste en contact avec ses successeurs et avec le diocèse de Nanterre. Il participe par exemple à la célébration du cinquantième anniversaire du diocèse au stade Yves-du-Manoir de Colombes le dimanche au milieu de 12 000 fidèles ; parmi les neuf évêques présents, il retrouve ceux qui furent ses collaborateurs à Nanterre : Didier Berthet (chancelier), Nicolas Brouwet, (évêque auxiliaire), Laurent Dognin (vicaire général) et Michel Pansard (vicaire général)…
