Louise Augusta de Danemark nait pendant les années où sa mère est mariée au roi fou Christian VII, mais officieusement, il est notoire que son père naturel est Johann Friedrich Struensee, médecin de la Cour et régent au nom de Christian VII. En , le ministre des Affaires étrangèresAndreas Peter Bernstorff imagine un plan astucieux concernant la princesse danoise. Plan utilisé dans les cas où les enfants royaux sont soupçonnés de ne pas être les enfants légitimes du roi, mais issus d'une relation adultère de leur mère. Étant donné qu'un garçon ou une fille pouvait hériter un jour du trône du Danemark, il parut judicieux au ministre des Affaires étrangères de marier au plus vite la princesse Louise Augusta avec le prince d'Augustenbourg. Ce plan eut des effets plutôt positifs, il permit de nouer des liens avec les deux lignées de la Maison royale du Danemark. La décision de la Maison d'Oldenbourg et de la Maison de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Augustenbourg empêcha l'éclatement du royaume du Danemark.
Le couple réside au château de Christianborg, celui-ci est ravagé par un incendie en 1794.
Au fil des ans, un conflit se développe entre son fils aîné Christian-Auguste II de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Augustenbourg et Frédéric VII à propos des deux duchés (Schleswig-Holstein) et son petit apanage autour de Sønderborg dont une partie appartient à Christian-Auguste II et l'autre partie à Frédéric VII.
En accord avec le comte Henri von Schimmelmann, ministre des finances et du commerce danois, Frédéric-Christian II de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Augustenbourg offre à Friedrich von Schiller une rente annuelle de 1.000 écus.
(da) Bo Bramsen, Ferdinand og Caroline : en beretning om prinsen, der nødig ville være konge af Danmark [« Ferdinand et Caroline: un récit du prince qui hésitait à être roi du Danemark »], Copenhague, Nordiske Landes Bogforlag, , 4e éd., 303 p. (ISBN8787439220)
(da) Adolph Ditlev Jørgensen, « Frederik Christian, Hertug af Augustenborg », dans Dansk biografisk Lexikon, tillige omfattende Norge for tidsrummet 1537-1814, vol. V, Copenhague, Gyldendalske Boghandels Forlag, , 1re éd. (lire en ligne), p. 346-350
