Propper de Callejón est le premier secrétaire de l'ambassade espagnole à Paris lors de la reddition de la France à l'Allemagne le . Afin d'empêcher l'armée allemande de piller la collection d'art que la famille de son épouse conserve au château de Royaumont, il déclare le château comme sa résidence principale, pour qu'il soit traité avec les mêmes privilèges qu'un logement de diplomate. Un triptyque de Van Eyck[Lequel ?], un des peintres favoris d'Adolf Hitler, figure ainsi parmi les œuvres d'art sauvegardées.
En , il délivre, du consulat espagnol à Bordeaux et avec la coopération du consul portugais Aristides de Sousa Mendes plus de trente mille visas de transit à des Juifs afin qu'ils puissent traverser l'Espagne et rejoindre le Portugal. Quand le ministre des affaires étrangères espagnol Ramón Serrano Súñer apprend que Propper de Callejón délivrait des visas sans autorisation préalable de son ministère, il le fait transférer au consulat de Larache dans le protectorat espagnol au Maroc. Il est ensuite affecté à Rabat, Zurich, Ottawa et Oslo.
Divers
Le père de Propper de Callejón, Max Propper, était un Juif de Bohême et sa mère, Juana Callejón, une catholique espagnole ; ils éduquèrent Eduardo et ses frères dans la religion catholique. Son épouse, Hélène Fould-Springer, était une mondaine et peintre. Elle provenait d'une célèbre famille juive franco-autrichienne de banquiers. Elle s'est convertie au catholicisme après la Seconde Guerre mondiale. Elle était la sœur de la philanthrope et mécène Liliane de Rothschild (Épouse du baron Élie de Rothschild, 1916-2003).
Ses actions héroïques ne furent jamais connues du grand public avant sa mort, en 1972, à Londres.