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Le 21 juillet 1812, lors de la guerre de 1812, les États-Unis envahissent le Canada, Dominique Ducharme a été nommé lieutenant dans le bataillon de la milice à Pointe-Claire. En mai 1813 Ducharme a détaché à la frontière du Niagara, dans le Haut-Canada, à la tête d'un détachement d'Amérindiens des Six Nations du Lac-des-Deux-Montagnes et de Saint-Régis.
Il a commandé une troupe de 300 Indiens de Caughnawaga pour renforcer la milice dans le Haut-Canada. Lors de la bataille de Beaver Dams, Dominique Ducharme a organisé avec un groupe de guerriers une attaque surprise sur un détachement de l'armée américaine qui a dû se rendre après un affrontement où ils perdirent un certain nombre de soldats et tous les autres furent fait prisonniers.
Revenant ensuite dans le Bas-Canada, Dominique Ducharme a été placée sous le commandement du lieutenant-colonel Charles-Michel d'Irumberry de Salaberry lors de la bataille de Châteauguay. Salaberry ordonna à Ducharme de traquer et capturer six déserteurs de l'unité de Salaberry. Ses hommes les arrêtèrent et passèrent devant une cour martiale où ils furent condamner à mort sur les ordres du lieutenant-colonel Salaberry. Ducharme, qui considérait la peine comme trop sévère, n'a jamais pardonné à Salaberry et lui a dit qu'il aurait pu aider ces hommes à s'affranchir s'il avait connu le sort qui les attendait.
Fonctionnaire
Par la suite, Dominique Ducharme travailla comme interprète pour le ministère des Affaires indiennes. Parlant plusieurs dialectes, Ducharme facilita les liens commerciaux et militaires de la Grande-Bretagne et les autochtones canadiens (Amérindiens, métis et Canadiens).
De 1819 à 1821, il reçoit une commission de juge de paix. Puis s'investit pour la communauté de Lac des Deux Montagnes, apaisant les conflits et protégeant les intérêts de chacun.