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Domingos Paciência passe la majorité de sa carrière au FC Porto, son club formateur. Avec le FC Porto, il remporte notamment 7 championnats du Portugal et 4 Coupes du Portugal.
Domingos termine meilleur buteur du championnat du Portugal lors de la saison 1995-1996 en inscrivant 25 buts. Au total, il dispute 263 matchs en 1re division portugaise et inscrit 106 buts dans ce championnat, ce qui nous donne une moyenne de 0,40 but par match.
Domingos reçoit par ailleurs 35 sélections et inscrit 9 buts en équipe du Portugal entre 1989 et 1998. Avec cette équipe, il participe à l'Euro 1996 qui se déroule en Angleterre. Il marque un but durant cette compétition, lors d'un match de poule face à la Croatie.
Entraîneur
Après sa carrière de joueur, Domingos se reconvertit en entraîneur.
Avec Braga, Domingos termine vice-champion du Portugal en 2010 et parvient à qualifier le club pour la phase de groupes de la Ligue des Champions 2010-2011. C'est la première participation du club à la Ligue des Champions. Braga finit 3e de son groupe derrière Arsenal et le Chakhtar, le club est alors reversé en Ligue Europa. Domingos mène son équipe jusqu'en finale après avoir éliminé Liverpool et Benfica entre autres. En finale, face à son voisin le FC Porto, ils s'inclinent 1-0.
Le 23 mai 2011, Domingos Paciência est officiellement entraineur du Sporting Club de Portugal. Le 13 février 2012, il est licencié à cause de résultats et objectifs insuffisants[1].
Le 30 décembre 2012, il est nommé à la tête du Deportivo La Corogne après l'éviction de José Luis Oltra. Le 11 février 2013, il est remplacé par Fernando Vázquez.