Il est par deux fois meilleur buteur du Championnat du Portugal, en 1976 avec Benfica (28 buts) et en 1980 avec le Sporting (31 buts). Il termine sa carrière au Vitória Setubal.
Il porte 43 fois le maillot de l'Équipe du Portugal et inscrit 15 buts avec cette équipe, entre 1972 et 1989.
Deux de ses buts sont restés dans la mémoire des supporteurs français. Face aux Bleus, en demi-finale de l'Euro 84 au Stade Vélodrome de Marseille, il égalise dans le temps réglementaire avant de donner l'avantage à son équipe d'une reprise de volée écrasée qui lobe le gardien Joël Bats. Le Portugal est finalement battu sur le fil.
Après avoir pris sa retraite, Rui Jordão s'est éloigné du monde du football et est devenu peintre et sculpteur. Rui João est décédé le à l'âge de 67 ans, après avoir été hospitalisé pour des problèmes cardiaques à Cascais. Fernando Gomes, président de la Fédération portugaise de football, a déclaré dans une déclaration qu'il était « sans égal »[2].