En septembre 1792, Roberjot est élu député suppléant du département de Saône-et-Loire, le cinquième sur six, à la Convention nationale. Il renonce à l'habit ecclésiastique début brumaire an II (fin octobre 1793)[1], et est admis siéger en remplacement de Carra, guillotiné le 10 brumaire (31 octobre) ainsi que dix-neuf autres députés girondins[2].
Roberjot est réélu député en vendémiaire an IV (octobre 1795). Il siège au Conseil des Cinq-Cents jusqu'en prairial an V (mai 1797)[5]. En nivôse an VI (décembre 1797), il est nommé ministre plénipotentiaire à Hambourg puis à La Haye[6]. En messidor (juin 1798), il est désigné troisième ministre plénipotentiaire au second congrès de Rastadt aux côtés de Bonnier d'Alco et de Debry[7].
Ce congrès avait pour but de régler les désaccords concernant l'occupation de certaines régions d'Allemagne par la France, en particulier la rive gauche du Rhin, à la suite de la signature du traité de Campo-Formio. Roberjot prend une part importante aux délibérations du Congrès, qui durait depuis six mois déjà, quand les défaites de Jourdan permettent à l'Autriche de rompre les négociations. Le , les trois plénipotentiaires français décident de partir et réclament une escorte qui leur est refusée. Ils quittent le château, le 28, au soir, en cinq voitures, lorsque, un peu plus loin, ils sont attaqués par une troupe de hussards autrichiens. Claude Roberjot et Antoine Bonnier d'Alco sont assassinés et Jean Debry très sérieusement blessé.
Assassinat des Plénipotentiaires Français à Rastadt (). Typogravure originale de Boussod et Valadon d'après C. Monet, 1893.
Le Conseil décide alors que jusqu'à son remplacement son nom soit proclamé solennellement à chaque appel nominal, et qu'à cet appel le président répondrait : « Que le sang des ministres français assassinés à Rastadt retombe sur la maison d'Autriche ! » et que la place du représentant Roberjot soit occupée par un costume couvert d'un crêpe noir. Une fête funèbre est décrétée en son honneur et Garat prononce son oraison funèbre.
Paul Huot, Les plénipotentiaires de Rasttat, d'après l'ouvrage allemand Der Rasstater Gesandtenmord de Von Karl Mendelssohn-Bartholdy, Librairie internationale, Paris, 1869.
Capitaine Oscar Criste, Rasttat. L’assassinat des ministres français le , d'après des documents inédits des archives impériales et royales de Vienne, traduit de l'allemand par un officier supérieur, Librairie militaire R. Chapelot et Compagnie, Paris, 1900, 445 p.
J. Souchon, Rasttat, l'assassinat des ministres français le , Extrait du Tome XXXII du Bulletin de la Société académique de Laon, Imprimerie du Journal de l'Aisne, 1907.
Pierre Laffont, « Le destin tragique de Claude Roberjot », Images de Saône-et-Loire, no 115, , p. 16-19.