Charles Van den Borren a été marié à Madeleine Rolin (1879-1966). Leur fille, Marianne, a épousé le musicologue américain et chef d'orchestre basé à Bruxelles Safford Cape. Il a fondé, avec son gendre, Safford Cape, l'ensemble Pro musica antiqua.
L'Œuvre dramatique de César Franck : Hulda et Ghiselle (Schott Frères, Bruxelles, 1907) [lire en ligne] ;
Charles Van den Borren, Les Origines de la musique de clavier en Angleterre, Bruxelles, Librairie des deux mondes, (lire en ligne) ;
Les musiciens belges en Angleterre à l'époque de la Renaissance (1914) [lire en ligne]
Les Débuts de la musique à Venise (Librairie des deux mondes, Bruxelles, 1914) ;
Les Origines de la musique de clavier dans les Pays-Bas (Nord et Sud) jusqu'en 1630, (Librairie des deux mondes, Bruxelles, 1914) [lire en ligne] ;
Orlande de Lassus, (F. Alcan, Paris, 1920) ;
« Alessandro Scarlatti et l'esthétique de l'opéra napolitain », dans collectif, La Renaissance d'Occident, vol. IV, Paris, Éditions de La Renaissance de l'Occident, , 14 p. (OCLC601391246, BNF31529754)
Guillaume Dufay (Marcel Hayez, Bruxelles, 1925) ;
Polyphonia Sacra (Londres, 1932) ;
Hugo et Arnold de Lantins (Société liégeoise de musique, Liège, 1932) ;
Peter Benoit (Office de publicité, Bruxelles, 1942) ;
Études sur le XVe siècle musical, (De Nederlandsche Boekhandel, Anvers, 1943) ;
Roland de Lassus (La Renaissance du livre, Bruxelles, 1943) ;
Geschiedenis van de Muziek in de Nederlanden, (De Nederlandsche Boekhandel, Anvers, 1948) ;
César Franck (La Renaissance du livre, Bruxelles, 1950) ;
Pièces polyphoniques profanes de provenance liégeoise (XVe siècle), Arnold de Lantins, Hugo de Lantins et Johannes Franchois. Transcrites et commentées par Charles Van den Borren, (Éditions de la Librairie encyclopédique, Bruxelles, 1950).
La Musique en Belgique (Étude collective sous sa direction et celle d'Ernest Closson), (La Renaissance du Livre, Bruxelles, 1950)
