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En 1676, César d'Estrées est fait protecteur des affaires du Portugal en Cour de Rome[1]. La même année il participe à Rome au conclave qui élit Innocent XI.
Il rentre en France en 1677 et se retrouve chargé quelques mois plus tard de la négociation du mariage du dauphin, Louis de France, avec la princesse sœur de l'Electeur de Bavière, Marie-Anne de Bavière[1].
De retour en France en 1679, César d'Estrées se démet de son évêché de Laon en 1681 en faveur de son neveu Jean d'Estrées contre une pension de 3000 livres qu'il donna chaque année à l'hôpital de Laon qu'il avait créé[1].
Louis XIV le nomme ambassadeur près le Saint Siège lors de l'Affaire de la régale. Il y soutient fermement la position du Roi et la liberté de l'Église gallicane[1].
Son frère François Hannibal II d'Estrées, ambassadeur de France auprès du Saint Siège étant mort en janvier 1687, César d'Estrées se retrouve chargé de toutes les affaires de la France auprès d'Innocent XI, pape alors en conflit avec Louis XIV[1]. Innocent XI meurt en août 1689, César d'Estrées participe au conclave qui élit Alexandre VIII[2] en octobre de la même année.
Elevé à la dignité de Commandeur du Saint-Esprit en 1688, il en prête le serment en 1689[1].
Il retourne à Rome en juillet 1691 pour le conclave qui élit Innocent XII. Il y reste deux ans afin de travailler à la défense des intérêts de la France avec le cardinal de Janson (Toussaint de Forbin-Janson) ce qui aboutit en 1693 par un compromis qui met fin à l'affaire de la régale[1].
En 1693, étant abbé commendataire de l'abbaye Saint-Sauveur d'Anchin, il veut exercer le droit de juridiction et de punition contre son Prieur claustral et ses religieux qui vont plaider devant le Grand Conseil qui dans un arrêt en date du , donne raison aux religieux[3].
Il retourne à Rome pour le conclave de 1700 qui élit Clément XI. Le Roi lui fait prolonger son séjour en Italie pour négocier notamment avec la République de Venise[1].
Le roi le chargea encore d'accompagner Philippe V en Espagne en décembre 1700-janvier 1701 afin de l'aider à installer son pouvoir[1].
Il y meurt et y fut enterré à l'âge de 87 ans après avoir été évêque 59 ans et cardinal 53 ans[1],[2].
C'est lui qui consacra l'église Saint-Montain de La Fère en 1657, en présence de Louis XIV, de la reine mère Anne d'Autriche, du duc d'Anjou, du cardinal Mazarin et de quantité de seigneurs.
Ses armes sont écartelé aux 1 et 4 d'argent, fretté de sable de six pièces au chef d'or chargé de trois merlettes de sable qui est d'Estrées, aux 2 et 3 d'or au lion d'azur, couronné et lampassé de gueules qui est La Cauchie[1],[4].
↑S'il veut exercer ce droit, il lui faut obtenir une bulle du pape et qu'il la fasse confirmer par lettre patente adressée au Parlement dans le ressort de son abbaye et la faire enregistrer. (Nicolas Bergier, Dictionnaire de Théologie, extrait de l'Encyclopédie méthodique, 1823, p. 539).
Anselme de Sainte Marie (Père Anselme), Histoire généalogique et chronologique de la Maison Royale de France, 9 volumes, Paris, 1725 et années suivantes lire en ligne [archive].