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Biagio Conte devient coureur professionnel en 1996, à l'âge de 27 ans, dans l'équipe Scrigno. Bon sprinteur, il remporte dès sa première année deux étapes du Tour d'Espagne et porte le maillot or pendant deux jours. L'année suivante, il monte sur le podium de la classique Milan-San Remo, battu au sprint par Erik Zabel et Alberto Elli.
En 2000, il est engagé par l'équipe Saeco afin d'assister Mario Cipollini dans ses sprints.
Sur le Tour d'Italie, il est déclaré vainqueur de la quinzième étape arrivée à Brescia après qu'Ángel Vicioso, premier arrivé, a été déclassé pour un sprint irrégulier[1].
Après une dernière saison chez Formaggi Pinzolo Fiave en 2003, il a mis fin à sa carrière.
