De 1984 à 1986, Émié est deuxième, puis premier secrétaire à l'ambassade de France en Inde à New Delhi. Entre 1986 et 1988, il est membre du cabinet de Jean-Bernard Raimond, ministre des Affaires étrangères, en qualité de conseiller technique. Il est ensuite nommé à l'ambassade de France aux États-Unis comme premier secrétaire, puis deuxième conseiller (1988-1992).
Entre 1993 et 1995, il est appelé au cabinet d'Alain Juppé, ministre des Affaires étrangères, en qualité de chargé de mission. Pendant le génocide des Tutsi au Rwanda il rédige le télégramme diplomatique[4],[5] autorisant les militaires français de l'Opération Turquoise à laisser les principaux membres du gouvernement rwandais responsables du génocide s'enfuir au Zaïre.
En 1998, il est nommé ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire à Amman en Jordanie. En 2002, il est rappelé à l'administration centrale comme directeur d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient.
En 2004, il est nommé ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire à Beyrouth au Liban, en pleine crise à la suite de l'assassinat de Rafiq Hariri[6].
Le , il est nommé ambassadeur extraordinaire et plénipotentiaire à Ankara en Turquie. Il présente ses lettres de créance au président de la république de Turquie, Abdullah Gül, le 21 septembre 2007.
Le , il est nommé Ambassadeur de France en Algérie[8]. En octobre 2014, au lendemain de la décapitation du guide de montagne français, Hervé Gourdel, Bernard Émié publie un communiqué appelant les ressortissants français en Algérie à ne pas céder au « chantage » tout en restant « vigilants »[9],[10]. En avril 2016, Ramtane Lamamra l'interpelle sur les nombreuses attaques de la presse française à l'encontre de l'Algérie dans l'affaire des Panama Papers[11]. En mai 2016, il déclare « en privé » que l'ambassade de France en Algérie octroie 60 % de ses visas à des habitants de la Kabylie, ce qui fuite dans la presse qui déforme ses propos en affirmant que la France applique des quotas pour les différentes populations algériennes, déclenchant un nœud diplomatique avec les autorités algériennes[12].
Bénédicte Fauvarque-Cosson, Antoine Khair et Bernard Émié, Les sources du droit : Aspects contemporains, Paris, Société de Législation Comparée, , 314 p. (ISBN978-2-908199-57-4)
