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Avec une petite équipe de l’université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines, il est l’auteur de l'attaque ayant mené à la première collision complète sur la fonction de hachageSHA-0. Antoine Joux est l’un des concepteurs, avec Éliane Jaulmes et Frédéric Valette, du mécanisme d’intégrité RMAC (Randomized Message Authentication Code).
Depuis 2005, Joux travaille comme expert scientifique à la Délégation générale pour l'Armement, au SPOTI (Service des programmes d’observation, de télécommunication et d’information) puis à la MRIS (Mission pour la recherche et l’innovation scientifique).
Depuis , il est membre du LIP6, professeur associé à l’Université Pierre-et-Marie-Curie titulaire de la chaire de cryptologie de la fondation partenariale UPMC.
Antoine Joux fait également partie du bureau des directeurs élus de l’IACR.
