Sa carrière professionnelle commence en 2006 chez Barloworld. Comme il le dit lui-même, « son rêve devenait réalité. Son passe-temps devenait son métier » (una afición pasó a ser un oficio)[1]. Pour sa première participation au Tour de France, il termine 23e en 2007, 3e meilleur jeune et, surtout, il est élu le coureur le plus combatif de ce Tour.
En 2010, sa saison est marquée par les blessures. Tout d'abord, il se fracture la clavicule droite lors du Tour du Pays basque[2]. En juillet, il est contraint à l'abandon lors du Tour de France à cause d'une chute lors de la 4e étape où il se fracture de nouveau la même clavicule. Il arrive cependant à terminer l'étape mais ne repart pas le lendemain[3].
En 2012, Txurruka abandonne à nouveau le Tour de France en raison d'une chute survenue au cours de la 6e étape. Il se fracture alors une clavicule et quitte la course au terme de cette étape[4]. En fin de saison, son contrat n'est pas renouvelé par Igor González de Galdeano, manager de l'équipe, parce qu'il n'apporte pas de points UCI permettant à son équipe de se maintenir dans le World Tour[5].
Recruté pour apporter ses compétences et son expérience au profit des leaders de l'équipe, il signe pour un an renouvelable. Txurruka n'est pas conservé par la formation australienne à l'issue de la saison. Bien que satisfaite de son travail et de son attitude, la direction, devant la trajectoire ascendante de l'équipe, décide de miser sur d'autres coureurs. Amets se dit déçu de n'avoir pas eu la possibilité de montrer son véritable visage, lors d'une seconde saison, reconnaissant avoir été en dessous de son niveau durant l'année. En novembre (2016), toujours sans contrat, il a, toutefois, l'intention de poursuivre sa carrière cycliste. Âgé de trente-quatre ans, son talent et son expérience, forgée au cours de onze ans de professionnalisme et de seize grands tours disputés, peuvent être utile à n'importe quelle équipe, surtout à de jeunes coéquipiers[8].
Au mois de , il annonce mettre un terme à sa carrière de coureur professionnel, en l'absence de propositions de contrat ; quelques petits problèmes de santé le confortant dans cette résolution[1].