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À partir de 1999, Alar Karis est professeur à l'université de Tartu. De 2003 à 2007, il est recteur de l'université des sciences de la vie.
Le , il est élu avec 198 voix recteur de l'université de Tartu en remplacement de Jaak Aaviksoo, devenu ministre de la Défense. Son mandat prend fin le .
En 2012, Alar Karis devait devenir rédacteur en chef de la revue scientifique à comité de lecture 1.1, mais la revue n'a pas commencé à publier[2].
Le 26 mars 2013, le Parlement le nomme auditeur général[3].
En octobre 2017, Karis est nommé directeur du Musée national estonien. Parallèlement, il est nommé consul honoraire du Chili à Tartu en 2020.