Fils d'un ancien international de handball (Maurice Portes), il commence le handball dans le club fondé par son père à Sète (l'Olympique Sète Joliot-Curie, OSJC) avant d'être repéré puis recruté dès les juniors par l'USAM Nîmes. Il y fera l'ensemble de sa carrière, remportant au passage quatre titres de champion de France, trois coupes de France. Il arrête sa carrière en 1994 après un ultime titre de vice-champion, le club étant rétrogradé en division inférieure à la suite d'un dépôt de bilan.
Il connaît sa première sélection avec l'équipe de France en 1983 et participe à la longue construction de celle-ci sous la conduite de Daniel Costantini qui conduit la France du fond du groupe C mondial dans le début des années 1980 vers le sommet de la hiérarchie mondiale. Pour Alain Portes, cela se traduira par une médaille de bronze lors des Jeux olympiques de 1992 à Barcelone.
Carrière d'entraîneur
En 1995, il devient entraîneur dans l'autre club de Nîmes, les féminines du HBC Nîmes, avec lesquelles il remporte le premier titre européen de l'histoire du handball féminin français, à savoir la Coupe Challenge 2001. En 2004, après 9 ans à la tête du club, Alain Portes quitte la D1 pour encadrer leCentre de Formation naissant[2].
En 2006, il est choisi pour prendre les rênes de son ancien club, l'USAM Nîmes. Il parviendra à hisser le club à la 5e place en 2007 et 2008, soit les deux meilleurs résultats du club depuis le titre de vice-champion en 1994 auquel il a participé.
À l'issue de cette compétition, on apprend qu'il était la victime d'attaques personnelles depuis plus d'un an, notamment sur les réseaux sociaux et via des courriers anonymes envoyés à son domicile[5]. Et, au cours du Mondial, il s'est fait voler son téléphone portable dans le vestiaire fermé à clef[5]. Finalement, bien qu’il ait reçu le le soutien de Joël Delplanque, le président de la FFHB, (« je maintiens ma confiance à Alain Portes qui ira jusqu'aux J.O. »)[6], il est démis de ses fonctions le , « les conditions de confiance mutuelle indispensables à la réussite de l’équipe de France n’étaient plus réunies. »[6]. Selon le journal Le Monde, « C’est à la demande des "taulières" des Bleues, alors que l’équipe enchaîne de mauvais résultats et que les relations se sont dégradées avec [Alain Portes], qu’Olivier Krumbholz a été rappelé, deux ans après son éviction[7]. Finalement, la Fédération française de handball sera condamnée par la cour d'appel de Nîmes en juillet 2023 à indemniser Alain Portes pour licenciement sans cause réelle et sérieuse[8].
En , il signe un contrat de 3 ans comme entraîneur avec le Grand Besançon Doubs Handball. Cependant, il met un terme à celui-ci à la fin de la saison 2017-2018 avant tout pour raisons personnelles (il pense que le club n'a pas les moyens de ses ambitions, et par honnêteté, préfère céder sa place à un autre entraineur) et non pas à cause des mauvais résultats du club.
Le , Alain Portes signe jusqu'à la fin de la saison 2018-2019 pour le club qatarien d'Al-Duhail SC[9], champion en titre et qualifié pour la Ligue des champions d'Asie qu'il remporte[10]
En septembre 2021, l'Algérie confirme qu'elle déclare forfait à la CAN 2022 du fait que la compétition se déroule au Sahara occidental. Par conséquent, elle ne peut plus se qualifier au Mondial 2023 et est menacée de se voir retirer l'organisation de la CAN 2024, l'année olympique : dès lors, l'absence de perspectives sportives ont conduit Alain Portes à ne pas prolonger son contrat avec la sélection[12].