L’académie de Rouen a été créée en 1964, par la division de l'académie de Caen.
Avec la réforme territoriale de 2014, les rectorats de Caen et de Rouen forment la région académique de Normandie. Le recteur de Caen a autorité sur celle-ci, même si Rouen conserve un recteur jusqu'à . Cependant à partir de le recteur de Caen devient en même temps celui de Rouen, ce qui rend la possibilité d'une fusion avec un seul rectorat régional à Caen et des délégations sur les autres départements normands de plus en plus plausible, comme c'était le cas avant 1964. Le , les académies de Caen et de Rouen fusionnent pour donner naissance à l'académie de Normandie, dont le siège est fixé à Caen.
Effectifs
À la rentrée 2010, l'académie de Rouen accueillait 357 730 élèves (public et privé sous contrat, de la maternelle au post-bac sous statut scolaire).
Elle est alors la 15e académie de France par sa population scolaire.
Pour assurer l'ensemble de ses missions pédagogiques, le rectorat est composé de pôles d'animation, parmi lesquels on peut citer :
La Cellule d'appui à l'innovation et à l'expérimentation
La DAAC : Délégation Académique à l'Action Culturelle
La DAET : Délégation Académique aux Enseignements Techniques
La DAFPIC : Délégation à la Formation Professionnelle Initiale et Continue, à la formation des personnels de l’Éducation nationale
La DALEC : Délégation Académique pour L’Égalité des Chances
La DAREIC : Délégation Académique aux Relations Européennes et Internationales et à la Coopération
La DANÉ : Délégation Académique au Numérique Éducatif
Le SAIO : Service Académique d'Information et d'Orientation
Les activités pédagogiques du Rectorat sont également menées par les Inspecteurs d'Académie - Inspecteurs Pédagogiques Régionaux (IA-IPR) pour l'enseignement secondaire, les Inspecteurs de l’Éducation nationale du 2nd degré (IEN ET/EG) pour l'enseignement général et technique et les Inspecteurs de l'Éducation nationale (IEN) pour le 1er degré.