L'église, tout comme les autres églises françaises de Rome, est confiée à un recteur nommé par l’ambassadeur de France auprès du Saint-Siège en lien avec une structure nommée les Pieux Établissements de la France à Rome et Lorette.
Aménagement extérieur et intérieur, chapelles, orgue
En septembre 2013, le pape François a déclaré être particulièrement touché par cette Vocation de saint Matthieu : « Ce doigt de Jésus… vers Matthieu. C’est comme cela que je suis, moi. C’est ainsi que je me sens, comme Matthieu »[5].
Une fresque au plafond de cette chapelle Contarelli représente un autre épisode de la vie de saint Matthieu, la Résurrection de la fille d'un roi ; cette fresque est due au Cavalier d’Arpin, ancien maître de Caravage[6].
La chapelle du Crucifix est dédiée aux victimes du terrorisme. On peut y voir actuellement le portrait du Père Jacques Hamel, assassiné le 26 juillet 2016, à Saint-Étienne-du-Rouvray, près de Rouen.
L'orgue Merklin de 1881, placé dans un buffet baroque antérieur, fait partie des quelques instruments de Joseph Merklin intégralement préservés.
Titre cardinalice
Saint-Louis des Français est également un titre cardinalice habituellement porté par le cardinal archevêque de Paris.
Mitoyen de l'église, le palais San Luigi dei Francesi, de style baroque tardif, fut construit par le cardinal de Polignac de 1709 à 1716 pour être un lieu d’accueil de la communauté religieuse française et des pèlerins sans ressources. Son porche montre un buste du Christ dont le visage est identifié traditionnellement à celui de César Borgia. L’intérieur comprend notamment une galerie de portraits des rois de France et une salle de musique célèbre.
Monuments et sépultures
De hauts prélats et des membres de la communauté française de Rome l'ont choisie comme lieu de sépulture : on peut y voir les tombes :
de Natale Saliceti, d'Oletta (Corse), archiatre pontifical, médecin personnel du Pape Pie VI ;
de Giuseppe Sisco, de Bastia (Corse), professeur de médecine à l'université de La Sapienza.
La sépulture du peintre Claude Gellée dit Claude Le Lorrain y a été transférée en 1840 par décision de Thiers. Initialement sa dépouille reposait à la Trinité-des-Monts.