Pesäpallon Välisarja 1939 oli toinen kausi, jolloin kyseistä sarjaa pelattiin. YH sotki sarjan loppupuolen ohjelmaa. Yksi alkusarjan otteluista ja jälkimmäinen loppuottelu jäi syksyllä pelaamatta.
Kiri ja Kouvola nousivat Suursarjaan kesäksi 1940.
Riihimäki ja Vimpeli nousivat suursarjaan 1940.
Riihimäki voitti Välisarjan mestaruuden 1939 loppuottelusarjassa, joka kesti hieman toista vuotta. Välissä piti nimittäin selvitellä asioita itäisen naapurimaan kanssa. Jälkimmäinen loppuottelu pelattiin vuoden 1940 mestaruussarjan yhteydessä.