Otto Skorzeny syntyi Wienissä Itävalta-Unkarissa pitkän sotilasperinteen omaavaan keskiluokkaiseen sukuun. Ollessaan opiskelijana Wienin teknillisessä korkeakoulussa 1920-luvulla Skorzeny harrasti miekkailua. Hän osallistui viiteentoista kaksintaisteluun, joista kymmenennessä sai poskeensa viillon, joka jätti hänen kasvoihinsa arven. Skorzeny liittyi Itävallan kansallissosialistiseen puolueeseen vuonna 1931 ja vähän ajan kuluttua myös SA:n riveihin. Hän osoitti pätevyytensä miehistön johtamisessa ja sekaantui osaltaan Itävallan liittämiseen natsi-Saksaan pelastaessaan 12. maaliskuuta 1938 Itävallan presidentin Wilhelm Miklasin joutumasta öykkäröivien natsien ampumaksi.
Skorzenyn toivuttua vammoistaan eräs hänen SS-joukoissa palvellut ystävänsä suositteli häntä natsi-Saksan sotilasjohdolle kommandojoukkojen johtajaksi. Heinäkuussa 1943 Adolf Hitler valitsi hänet henkilökohtaisesti puolen tusinan Luftwaffen ja armeijan erikoisagenttien joukosta osallistumaan vallasta syöstyn ja Italian valtion vangitseman diktaattoriBenito Mussolinin pelastusoperaatioon.[1]
Italialaiset siirtelivät Mussolinia paikasta toiseen mahdollisten pelastajien harhauttamiseksi, mutta lopulta kahden kuukauden etsimisen jälkeen hänet kyettiin paikantamaan. Skorzeny osallistui 12. syyskuuta liitokoneilla tehtyyn hyökkäykseen hotelli Gran Sassoon korkealla Apenniinien vuoristossa. Hyökkäys onnistui ja Mussolini vapautettiin vain muutaman laukauksen jälkeen. Tämä toi Skorzenylle maailmanlaajuista mainetta, ylennyksen majuriksi ja rautaristin ritarimerkin.
Skorzeny määrättiin 25. toukokuuta 1944 operaatio Rösselsprungiin, joka oli suunnattu partisaanijohtajanJosip Broz Titon vangitsemiseen lähellä tämän tukikohtaa Dvorissa ja vastarintaliikkeen murskaamiseen. Skorzeny ja hänen joukkonsa taistelivat onnistuneesti partisaanijoukkoa vastaan, mutta Tito onnistui pakenemaan vain joitakin minuutteja ennen kuin Skorzenyn miehet saavuttivat luolan, jossa Tito oli pitänyt päämajaansa. Saksalaiset käyttivät läheisen kylän asukkaita pakkotyövoimana varusteiden kantamiseen ja sen jälkeen surmasivat nämä.[2][3]
Kun Hitleriä vastaan tehtiin epäonnistunut murhayritys 20. heinäkuuta 1944 kapinalliset upseerit yrittivät saada Berliinissä valtaansa maan hallintoa ennen kuin diktaattori toipuisi vammoistaan. Skorzeny auttoi tukahduttamaan kapinan pääkaupungissa, ja vietti lopuksi 36 tuntia Saksan armeijan päämajan komennossa ennen kuin hänet vapautettiin tehtävästä.
Lokakuussa Hitler lähetti Skorzenyn Unkariin saatuaan tiedon, että maan hallitsija Miklós Horthy neuvotteli salaa maansa antautumisesta puna-armeijalle. Antautuminen olisi aiheuttanut jopa miljoonan Balkanin niemimaalla taistelleen saksalaissotilaan joutumisen eristyksiin. Skorzeny kidnappasi Horthyn pojan Miklós Horthy nuoremmanoperaatio Panzerfaustissa, ja painosti hallitsijan luopumaan vallasta. Maahan asetettiin saksalaismyönteinen hallitus, ja Unkari taisteli natsi-Saksan rinnalla, kunnes puna-armeija karkotti saksalaiset maasta huhtikuussa 1945.
Kevättalvella 1945 Pohjois-Saksaan Skorzenyn erikoistehtäviin tarkoitettuun Jagdregiment 1-rykmenttiin Neusterlitziin muodostettiin kolmenkymmenen suomalaisen SS-miehen joukko-osasto. Osasto oli tarkoitettu koulutettavaksi aseellisiin erikoistehtäviin saksalaismielisen vastarintaliikkeen avuksi Suomessa, mutta koulutusta ei ehditty aloittaa ennen kuin sota jo päättyi. Samaan rykmenttiin pestattiin viestintäkoulutukseen parikymmentä vapaaehtoista niistä suomalaisnaisista, jotka olivat siirtyneet saksalaisjoukkojen mukana Norjaan ja Saksaan.[4]
Skorzeny asettui Espanjaan ja palasi insinöörin työhönsä. Samanaikaisesti hän toimi Saksasta ulkomaille paenneiden natsien Organisaatio Odessa -verkoston keskeisenä johtohahmona. Myöhemmin Skorzeny työskenteli Egyptin presidentin Gamal Abdel Nasserin ja Argentiinan presidentin Juan Peróninkonsulttina. On myös esitetty väitteitä, joiden mukaan Israelin tiedustelupalvelu painosti hänet luovuttamaan tietoja natsituttaviensa toimista Egyptissä. Vastineeksi hänelle luvattiin, ettei Israel ryhdy syyttämään häntä sodanaikaisista toimista.[5] Lukuisien liiketoimiensa avulla hänestä tuli vanhemmalla iällään miljonääri.
Skorzeny kuoli syöpään vuonna 1975. Hänen tuhkansa haudattiin syntymäkaupunkiinsa Wieniin.