Kitakata kehittyi historiallisesti viljavan maaseutualueen markkinapaikkana. Kaupungin ytimen muodostaa entinen Otatsukin kylä, jossa sijaitsi Edo-kaudella 1600–1800-luvuilla paikallinen hallintokeskus. Vuonna 1875 se liitettiin yhteen muiden läheisten kylien kanssa Kitakatan maaseutukaupungiksi. Meiji-kaudella kaupunkiin sijoittui liikenneyhteyksien parantumisen myötä muun muassa soijakastikkeen, mison, geta-sandaalien ja lakkaesineiden valmistusta. Sittemmin sinne on rakennettu myös metalli- ja elektroniikkateollisuutta. Kaupunkioikeudet Kitakatalle myönnettiin laajan kuntaliitoksen yhteydessä vuonna 1954. Kaupunki laajeni huomattavasti vuonna 2006, kun siihen yhdistettiin Shiokawan ja Yamaton maaseutukaupungit sekä Atsushio-Kanōn ja Takasaton kyläkunnat. Kaupunkia ympäröivällä maaseutualueella tuotetaan riisiä, tattaria ja vihanneksia, kuten parsaa.[4][5]