Jungfruskärin saaret ovat toimineet vuosisatoja turvasatamana ja pysähdyspaikkana merenkulkijoille. Ruotsin valtakaudella Jungfruskärissä on tiettävästi toiminut merimieskrouvi. Myös saarelta löydetyt muinaismuistot vahvistavat Jungfruskärin keskeisestä asemasta meriliikenteessä.[3][2]
Saarilla asui 1800-luvun alkupuolelta lähtien lähinnä torppareita, jotka viljelivät perunaa ja kasvattivat karjaa saarten niityillä ja lehdoissa yhdessä Hyppeisin kylän talonpoikien kanssa. Saarilla on yhä jäljellä muutama torppa muistona vanhoilta ajoilta. Jungfruskärin asukasluku oli korkeimmillaan 1900-luvun alussa, 43 asukasta. Vuonna 1933 sinne perustettiin yhdeksän oppilaan kansakoulu, joka toimi Hamnössä Brunströmin ja Hambergin perheiden kotona.[3][2]
Jungfruskäriin perustettiin vartiolinnake heinäkuussa 1940, aluksi 90 miehen vahvuisena. Suurimmillaan linnakkeen vahvuus oli lähes 200 miestä. Linnakkeessa koulutettiin sodan aikana alokkaita sekä tykki-, suojaus- ja huoltoryhmiä. Sodassa linnakkeen tehtävä oli suojata merirajaa vihollisen mahdolliselta hyökkäykseltä demilitarisoidulta Ahvenanmaalta. Osa linnakkeen rakennuksista ja varusteista, muun muassa tykit, onkin peräisin Ahvenanmaalta puretuista linnoitteista. Jungfruskärillä oli talvisodan aikana kolme 152/45 C -rannikkotykkiä Turun Lohkoon kuuluvina.
Talvisodassa 17.2.1940 suomalainen hävittäjän tulittama neuvostoliittolainenDB-3-pommikone räjähti ja putosi maahan Jungfruskärin Hamnön edustalle. Kaksi koneen miehistön jäsentä kuoli heti, ja kolmas ammuttiin tämän paetessa jäälle. Hänet on haudattu Jungfruskärin eteläosaan.[2][4]
Jungfruskär siirtyi puolustusvoimilta metsähallitukselle vuonna 1999 rakennuksineen. Niihin kuuluvat vanha kasarmi, vartiotupa, rantasauna sekä varastorakennuksia.[2]
Jungfruskäriin pääsee vain omalla veneellä tai taksiveneellä. Hamnön ja Storlandetin välisessä salmessa sijaitsevan 15-metrisen laiturin ohella veneellä voi rantautua viereiselle kalliolle. Siitä alkaa kolmen kilometrin pituinen helppokulkuinen luontopolku, jonka varrella on vuonna 2003 rakennettu lintutorni.[2]
