Saladinin kuolema johti valtakamppailuun, mutta hänen veljensä Al-Adil I onnistui lopulta vuonna 1200 yhdistämään valloitetut alueet valtakunnaksi. Aijubidivaltio oli suhteellisen vahva, kunnes mamelukit murhasivat viimeisen sulttaanin ja kaappasivat vallan Egyptissä vuonna 1250. Syyriassa aijubidit hallitsivat vielä 10 vuotta, kunnes mongolikaani Hülegü voitti heidät.
Aijubidien valtakunta Saladinin kuollessa vuonna 1193.
Saladinin isä Ayyūb (Najm al-Dīn Ayyūb ibn Shādhī), jonka mukaan Aijubidi-dynastia on nimetty, kuului kurdilaiseen palkkasotilassukuun, joka 1100-luvulla palveli turkkilaisten seljuq-hallitsijoiden alaisuudessa Irakissa ja Syyriassa. Damaskoksen kuvernööriksi nimitetty Ayyūb yhdisti veljensä Shīrkūhin kanssa Syyrian valmistautuessaan sotaan ristiretkeläisiä vastaan. Isänsä kuoleman jälkeen vuonna 1173 Saladin syrjäytti šiia-muslimienFatimidi-dynastian, mobilisoi edelleen muslimien innostusta luodakseen yhteisrintaman ristiretkiä vastaan ja teki Egyptistä tuolloin maailman voimakkaimman muslimivaltion. Saladinin aikana ylläpidetty solidaarisuus katosi juuri ennen hänen kuolemaansa vuonna 1193 hänen jaettuaan alueensa vasalliensa kesken, jotka olivat saaneet hallita provinssiensa sisäisiä asiota. Ajjubidi-hallinnosta tuli hajautettu puolifeodaalinen perheliitto.[1]
Frankkien ja Aijubidien välisten suhteiden jännite lieventyi al-Ādilin ja al-Kāmilin, Saladinin veljen ja veljenpojan, hallituskauden aikana, ja vuonna 1229 Jerusalem luovutettiin kristityille. Vaikka aijubidien hajaantuminen oli hidastunut, al-Kāmilin kuolema vuonna 1238 elvytti vanhat perhekiistat, mikä heikensi dynastiaa entisestään. Aijubidien taantuminen Egyptissä tuli päätökseensä mamelukien noustessa valtaan Al-Manṣūrahin taistelun jälkeen vuonna 1250, mutta dynastia säilyi joillakin Syyrian alueilla aina vuoteen 1260 asti. Ḥamāhissa Aijubidi-hallinto oli ainakin nimellisesti käytössä 1300-luvun ensimmäisellä puoliskolla. Paikalliset Aijubidi-dynastiat selvisivät erityisen pitkään Ḥiṣn Kayfāssa, jossa he jatkoivat hallintaansa Il-Khanidin ja myöhemmin Turkmenistanin vallan alaisena mongolien hyökkäyksen jälkeen 1400-luvun lopulla, kunnes turkmenilainen heimovaltio Ak Koyunlu valloitti alueen 1400-luvun lopulla.[1]
